Một vấn đề kỹ thuật đối với hệ thống mẻ là khả năng tắc hệ thống thu gom nước rỉ phía đáy bể. Vấn đề này có thể giải quyết được bằng cách giảm thiểu tác động của quá trình nén tự nhiên thông qua hạ chiều cao của lớp rác xuống còn 4m và trộn lẫn rác với các vật liệu khác có độ xốp cao, ví dụ 1T chất thải đã phân hủy và 0,1T vụn gỗ với 1T chất thải tươi. Vấn đề an toàn cháy nổ khi tháo sản phẩm cũng cần quan tâm.
Hai pha acid hóa và metan hóa trong hệ thống mẻ được xảy ra biệt lập. Có 3 dạng thiết kế khác nhau:
Dạng 1. Hệ thống mẻ một giai đoạn: nước rỉ được xoay vòng về phía đỉnh của bể phản ứng. Nhà máy hoạt động quy mô công nghiệp áp dụng thiết kế này cho rác thải được phân loại tại nguồn với công suất 35.000 T/năm đã được thực hiện tại Lelystad, Hà Lan. Nhà máy gồm nhiều bể phản ứng có dung tích 480 m3/ bể hoạt động song song.
Dạng 2. Hệ thống mẻ luân phiên: nước rỉ từ bể phản ứng mới nạp rác tươi có chứa nhiều acid hữu cơ được chuyển vào bể nơi đang xảy ra quá trình metan hóa, còn nước rỉ từ bể metan hóa sẽ chuyển vào bể mới để điều chỉnh pH và bicarbonat. Điều này cũng cho phép cung cấp vi sinh vật cho rác tươi.
Dạng 3. Lai ghép mẻ – UASB: trong thiết kế này, bể phản ứng ổn định được thay thế bằng bể phản ứng UASB. Tại bể UASB, các quần thể vi sinh vật được tích lũy dưới dạng các hạt bùn cho phép xử lý chất thải lỏng có hàm lượng acid hữu cơ cao. Về hình thức, hệ thống này gần tương tự với hệ thống Biopercolat có lưu sinh khối.