Nghị quyết 49/NQ-TW của Bộ Chính trị về Chiến lược cải cách tư pháp đến năm 2020, theo quan điểm của Nghị quyết 49 là: Cải cách tư pháp phải đặt dưới sự lãnh đạo chặt chẽ của Đảng, bảo đảm sự ổn định chính trị, bản chất nhà nước pháp quyền xã hội chủ nghĩa Việt Nam của nhân dân, do nhân dân, vì nhân dân, quyền lực nhà nước là thống nhất, có sự phân công, phối hợp giữa các cơ quan nhà nước trong việc thực hiện các quyền lập pháp, hành pháp, tư pháp. Nghị quyết 49-NQ/TW xác định rõ chức năng, nhiệm vụ, thẩm quyền và hoàn thiện tổ chức, bộ máy các cơ quan tư pháp. Trọng tâm là xây dựng, hoàn thiện tổ chức và hoạt động của Tòa án nhân dân. Nghị quyết 49-NQ/TW đã chỉ rõ:
Tổ chức hệ thống Tòa án theo thẩm quyền xét xử, không phụ thuộc vào đơn vị hành chính, gồm: Tòa án sơ thẩm khu vực được tổ chức ở một hoặc một số đơn vị hành chính cấp huyện; Tòa án cấp
phúc thẩm có nhiệm vụ chủ yếu là xét xử phúc thẩm và xét xử sơ thẩm một số vụ án; Tòa thượng thẩm được tổ chức theo khu vực có nhiệm vụ xét xử phúc thẩm; Tòa án nhân dân tối cao có nhiệm vụ tổng kết kinh nghiệm xét xử, hướng dẫn áp dụng thống nhất pháp luật, phát triển án lệ và xét xử giám đốc thẩm, tái thẩm. Việc thành lập Tòa án chuyên trách phải có căn cứ vào thực tế xét xử của từng cấp tòa án, từng khu vực, đổi mới tổ chức tòa án nhân dân tối cao theo hướng tinh gọn với đội ngũ Thẩm phán là những chuyên gia đầu ngành về pháp luật, có kinh nghiệm trong ngành… [9].
Như vậy, tổ chức Tòa án theo mô hình mới sẽ tạo cho ngành Tòa án không theo cơ quan hành chính "cấp trên, cấp dưới" mà được tổ chức theo thẩm quyền vụ việc, không có sự phụ thuộc nhau giữa Tòa án các cấp, giảm bớt được áp lực về tâm lý cho Thẩm phán khi tiến hành hoạt động xét xử. Nhiệm kỳ bổ nhiệm Thẩm phán hiện tại cũng nên thay đổi theo hướng kéo dài thời gian bổ nhiệm từ 10-15 năm và từng bước có thể là bổ nhiệm vĩnh viễn. Thủ tục bổ nhiệm Thẩm phán cũng nên đơn giản theo hướng thi tuyển, (thay vì lấy phiếu tín nhiệm, lấy ý kiến của cấp ủy Đảng, theo tuyển chọn của Hội đồng tuyển chọn Thẩm phán). Đổi mới quy trình bổ nhiệm Thẩm phán theo hướng rút ngắn thủ tục, giảm sự can thiệp của các cơ quan chính quyền địa phương là hết sức cần thiết. Nhiệm kỳ năm năm đối với Thẩm phán các cấp hiện nay là quá ngắn. Vì vậy, để Thẩm phán yên tâm công tác, tận dụng được tối đa kinh nghiệm xét xử và dám thể hiện bản lĩnh nghề nghiệp, cần kéo dài nhiệm kỳ của Thẩm phán. Mặt khác, để thực hiện bổ nhiệm Thẩm phán có chất lượng, phải thực hiện thường xuyên quy trình luân chuyển cán bộ, nguồn bổ nhiệm Thẩm phán cấp trên nên là Thẩm phán cấp dưới trong một thời hạn nhất định, nguồn bổ nhiệm Chánh án, Phó Chánh án Tòa án cấp trên nên chú trọng lấy từ các Chánh án, Phó Chánh án Tòa án cấp dưới đã làm tốt công tác quản lý, xét xử.
Việc bổ nhiệm Hội thẩm cũng cần được xem xét lại. Vì Hội thẩm là những người đại diện cho nhân dân tham gia giám sát hoạt động của Tòa án và xét xử người thực hiện hành vi phạm tội dưới góc độ của đông đảo nhân dân chứ không phải dưới góc độ Thẩm phán chuyên nghiệp. Bởi vậy, Hội thẩm phải do nhân dân bầu chọn một cách công khai, dân chủ trên cơ sở lựa chọn những người có đủ tiêu chuẩn, năng lực, tham gia xét xử. Ngành Tòa án cũng cần có sự quản lý chặt chẽ hơn đối với đội ngũ Hội thẩm. Luật quy định "khi xét xử, Hội thẩm ngang quyền với Thẩm phán" nên chăng cũng cần quy định trách nhiệm của Hội thẩm cũng giống như Thẩm phán khi xét xử oan sai hoặc có tiêu cực vì hiện tại hầu như Hội thẩm không có bất cứ trách nhiệm nào trước pháp luật về hoạt động xét xử của họ ngoài hình thức bãi nhiễm hoặc không được đề nghị khen thưởng.
Ngành Tòa án nên bỏ hình thức họp bàn án trong nội bộ cơ quan cũng như họp ba ngành (cho dù đó là hình thức để củng cố chứng cứ như quan niệm xưa nay ngành vẫn làm vì chứng cứ cần được đánh giá độc lập, cơ quan này không phụ thuộc vào cơ quan kia đặc biệt là Tòa án xét xử không phụ thuộc vào kết luận của cơ quan điều tra hoặc cáo trạng của Viện kiểm sát); Bỏ hình thức thỉnh thị án cấp trên, duyệt án, cho đường lối. "Xóa bỏ cơ chế thỉnh thị án, báo cáo, duyệt án sẽ tạo điều kiện cho các Thẩm phán đề cao trách nhiệm cá nhân, dám làm, dám chịu, buộc các Thẩm phán không ngừng học tập, nâng cao trình độ chuyên môn nghiệp vụ, tránh sự ỷ lại vào cán bộ cấp trên, cán bộ lãnh đạo, quản lý" [13]. Thẩm phán và Hội thẩm phải chịu trách nhiệm trước pháp luật về quyết định của mình, ngành Tòa án cũng nên thay đổi cách đánh giá chất lượng xét xử qua việc đánh giá số lượng án bị hủy của Thẩm phán bởi lẽ có rất nhiều vụ án các chứng cứ đã đầy đủ, Tòa phúc thẩm và Tòa sơ thẩm chỉ khác nhau về quan điểm đánh giá chứng cứ. Có trường hợp tại phiên tòa phúc thẩm bị cáo và các đương sự xuất trình thêm chứng cứ mới mà cấp sơ thẩm họ không xuất trình mặc dù đã được hỏi.
Hoặc là có những trường hợp án sơ thẩm bị hủy, xét xử lại, bị kháng cáo, bị kháng nghị, xét xử phúc thẩm lần hai lại xét xử đúng như án sơ thẩm, xét xử lần thứ nhất… Như vậy đâu phải án sơ thẩm bị hủy là do lỗi Thẩm phán và đâu phải vụ án nào bị hủy cũng do áp dụng sai pháp luật. Việc xem xét tỷ lệ án bị hủy để đánh giá chất lượng xét xử của Thẩm phán lấy căn cứ để bình xét thi đua sẽ gây ra một áp lực không cần thiết, ảnh hưởng đến tính độc lập xét xử của Thẩm phán và Hội thẩm.
Muốn cải cách tư pháp tốt thì phải gắn trách nhiệm của Hội đồng xét xử trước những án oan phải nặng hơn nữa, từ thực tiễn vụ xét xử tham nhũng đất ở Đồ Sơn là cơ hội cần tận dụng ngay để răn đe. Trong vụ xử đất Đồ Sơn, phải xem xét trách nhiệm cả ông Thẩm phán vì ông có nhiệm vụ phải buộc tội. Lợi dụng không có người bị hại nên ông buộc tội quá nhẹ, chà đạp lên niềm tin của người dân. Khi nghe kết quả xử án vụ tham nhũng đất Đồ Sơn, người dân đã bị "sốc". Trong vụ này, cái hại là uy tín của nền tư pháp Việt Nam, của công cuộc đấu tranh chống tham nhũng vừa được lãnh đạo nhà nước tuyên bố là "quyết tâm", là "dù ở chức vụ nào cũng xử". Khi có oan sai trong tố tụng, cần cân nhắc xem lỗi của ai là chính để có hình thức xử lý thích hợp, không nên đỗ lỗi toàn bộ cho Thẩm phán xét xử, trường hợp lỗi là của Thẩm phán xét xử thì đúng là nên có hình thức xử lý nặng hơn, để Thẩm phán xét xử thấy được trách nhiệm của mình trong việc tuân thủ các nguyên tắc, áp dụng quy định pháp luật. Thực tế cho thấy, hội đồng xét xử thường mắc khá nhiều lỗi, theo quy định của pháp luật, có thể buộc tội họ "ra bản án trái pháp luật" (án từ 1-3 năm tù); tội "cố ý làm trái các qui định của Nhà nước gây hậu quả nghiêm trọng"... Khi có một bản án được tuyên, sẽ có nhiều phản ứng, không chỉ từ người bị tuyên án mà còn có sự quan tâm của báo chí, dư luận xã hội. Do đó, nếu một bản án được tuyên mà án oan, xét xử không đúng người, không đúng tội gây hậu quả nghiêm trọng thì đúng là phải xem lại. Trong thời buổi công nghệ hiện đại, người dân có thể cập nhật thông tin từ nhiều phương tiện khác nhau, nếu hoạt động xét xử
không minh bạch, không đúng pháp luật sẽ gây ra sự nghi vấn của quần chúng, ai cũng tự hỏi nền pháp chế của ta thế nào mà có thể cho ra một bản án ngang trái, sai lầm nghiêm trọng? Vô hình chung làm giảm uy tín của Nhà nước, niềm tin và sự tôn trọng luật pháp của con người sẽ không còn tuyệt đối. Nhưng để truy tố những người gây ra tình trạng đó thì vẫn khó. Nếu không chứng minh được Hội đồng xét xử xử sai vì mục đích vụ lợi thì gần như không thể truy cứu trách nhiệm hình sự được. Vấn đề đặt ra ở đây chính là phải quy định thật chặt chẽ quyền, nghĩa vụ của Thẩm phán, Hội thẩm khi tham gia xét xử, đưa ra những tiêu chí để nhận diện lỗi cố ý hay vô ý trong hoạt động xét xử của hội đồng xét xử. trường hợp, cố ý xử sai, cần phải xem xét trách nhiệm hình sự, có như vậy, nguyên tắc xét xử độc lập và tuân theo pháp luật cũng như các quy định của pháp luật về tố tụng mới được thực hiện nghiêm túc và hiệu quả.