2.1. Thực trạng phápluật về thủ tục hành chính thuế
2.1.1 Các quy định về đăng ký thuế GTGT
Luật quản lý thuế 2006, Thông tư số 85/2007/TT-BTC ngày 18/7/2007 hướng dẫn Luật Quản lý thuế về việc đăng ký thuế, và gần đây nhất là Thông tư số 80/2012/TT-BTC có hiệu lực từ ngày 01/7/2012 (thay thế cho Thông tư số 85/2007/TT-BTC)hướng dẫn Luật Quản lý thuế về việc đăng ký thuế đã quy định khá chi tiết, tạo thuận lợi và rút ngắn thời gian, giảm các khoản chi phí cho doanh nghiệp nộp thuế. So với trước đây, thủ tục đăng ký thuế đã có nhiều cải cách quan trọng, cụ thể là việc thống nhất áp dụng mã số thuế giữa cơ quan Hải quan và cơ quan Thuế; thống nhất mã số đăng ký kinh doanh và đăng ký thuế thành một mã số doanh nghiệp duy nhất; sau cùng là gộp cả ba thủ tục đăng ký kinh doanh, đăng ký thuế và khắc dấu DN thành thủ tục đăng ký doanh nghiệp được thực hiện theo cơ chế một cửa liên thông. Hiệu quả nổi bật của việc cải cách về thủ tục hành chính này là thời gian thực hiện 3 thủ tục (trong đó có thủ tục đăng ký thuế) đã rút ngắn từ 30 ngày xuống còn 05 ngày.
Tuy nhiên, các quy định của pháp luật hiện hành còn nhiều chồng chéo khiến doanh nghiệp lúng túng khi thực hiện các thủ tục về đăng ký thuế. Cụ thể, từ sau khi Luật Quản lý thuế có hiệu lực, việc đăng ký thuế được quy định trong Luật quản lý thuế và Thông tư số 85/2007/TT-BTC ngày 18/7/2007. Tuy nhiên, ngày 15/4/2010, Chính phủ đã ban hành Nghị định số 43/2010/NĐ-CP về đăng ký doanh nghiệp và có hiệu lực thi hành kể từ ngày 01/6/2010. Nghị định này đã quy định rõ, chi tiết về hồ sơ, trình tự, thủ tục đăng ký doanh nghiệp bao gồm nội dung về đăng ký kinh doanh và đăng ký thuế đối với các loại hình doanh nghiệp (giấy đề nghị đăng ký thành lập doanh nghiệp, dự thảo điều lệ, chứng chỉ hành nghề.. tùy thuộc từng loại hình DN). Nghị định số 43/2010/NĐ-CP quy định thống nhất mã số đăng ký kinh doanh và mã số thuế thành một mã số duy nhất gọi là mã số
doanh nghiệp. Bộ Kế hoạch và đầu tư đã ban hành thông tư số 14/2010/TT-BKH ngày 04/06/2010 hướng dẫn một số nội dung về hồ sơ, trình tự, thủ tục đăng ký doanh nghiệp theo quy định tại Nghị định số 43/2010/NĐ-CP ngày 15/04/2010 của Chính phủ về đăng ký doanh nghiệp và có hiệu lực thi hành kể từ ngày 20/7/2010. Do đó, đối với những doanh nghiệp mới thành lập sau khi Thông tư 14/2010/TT-BKH có hiệu lực thì thực hiện đăng ký doanh nghiệp (đăng ký kinh doanh và đăng ký thuế lần đầu) theo trình tự, thủ tục, hồ sơ và mẫu biểu được quy định tại Thông tư này mà không thực hiện theo quy định tại Luật quản lý thuế và Thông tư số 80/2012/TT-BTC. Như vậy, về hồ sơ, trình tự thủ tục đăng ký doanh nghiệp (bao gồm cả đăng ký thuế) khác biệt so với quy định tại Điều 23 Luật Quản lý thuế. Điều này dẫn đến tình trạng không thống nhất về đăng ký thuế được quy định trong Luật quản lý thuế và các văn bản hướng dẫn thi hành với quy định của pháp luật về đăng ký doanh nghiệp.
Về Địa điểm nộp hồ sơ đăng ký thuế, nhằm tạo thuận lợi cho công tác quản lý, Điều 24 Luật quản lý thuế quy định tổ chức cá nhân nộp hồ sơ đăng ký thuế trực tiếp tại cơ quan quản lý thuế. Tuy nhiên, Điều 25 Nghị định số 43/2010/NĐ- CP ngày 15/4/2010 hướng dẫn Luật Doanh nghiệp 2005 về Đăng ký doanh nghiệp quy định nơi tiếp nhận hồ sơ đăng ký doanh nghiệptại Phòng Đăng ký kinh doanh cấp tỉnh nơi doanh nghiệp đặt trụ sở chính.
Về quy định cấp GCN Mã số thuế, pháp luật quy định tại Điều 26 Luật Quản lý thuế. Tuy nhiên, với sự ra đời của Nghị định 102/2010/NĐ-CP ngày 01/10/2010 hướng dẫn chi tiết thi hành một số điều của Luật doanh nghiệp có hiệu lực thi hành từ ngày 15/11/2010, theo đó, Giấy Chứng nhận Đăng ký doanh nghiệp đồng thời là Giấy Chứng nhận Đăng ký kinh doanh và Giấy Chứng nhận Đăng ký thuế của doanh nghiệp. Những doanh nghiệp đã được cấp Giấy Chứng nhận Đăng ký kinh doanh (hoặc Giấy Chứng nhận Đăng ký kinh doanh và Đăng ký thuế trước đây) có hiệu lực không bắt buộc phải thực hiện thủ tục đổi sang Giấy Chứng nhận Đăng ký doanh nghiệp. Các doanh nghiệp sẽ được cấp Giấy Chứng nhận Đăng ký doanh nghiệp khi đăng ký thay đổi nội dung đăng ký doanh nghiệp. Mỗi doanh
nghiệp được cấp một mã số duy nhất gọi là mã số doanh nghiệp, mã số này đồng thời là mã số đăng ký kinh doanh và mã số thuế của doanh nghiệp. Mã số doanh nghiệp tồn tại trong suốt quá trình hoạt động của doanh nghiệp và không được cấp lại cho tổ chức, cá nhân khác; khi doanh nghiệp chấm dứt hoạt động thì mã số này chấm dứt hiệu lực và không được sử dụng lại.
Quy định về thay đổi thông tin đăng ký thuế cũng chưa đầy đủ và thống nhất. Tại điều 27 Luật Quản lý thuế quy định khi có sự thay đổi thông tin trong hồ sơ đăng ký thuế đã nộp, người nộp thuế phải thông báo với cơ quan quản lý thuế trực tiếp. Tuy nhiên, Điều 45 Nghị định số 43/2010/NĐ-CP, Điều 17 thông tư số 14/2010/TT-BKH quy định khi doanh nghiệp thay đổi nội dung đăng ký thuế mà không thay đổi nội dung đăng ký kinh doanh thì doanh nghiệp gửi Thông báo đến Phòng đăng ký kinh doanh cấp tỉnh nơi doanh nghiệp đặt trụ sở chính; Thông báo thay đổi nội dung đăng ký thuế theo mẫu quy định tại Phụ lục III – 10 ban hành kèm theo Thông tư số 14/2010/TT-BKH. Việc không thống nhất các quy định này trong Luật, Nghị định, Thông tư, … sẽ gây khó khăn không chỉ cho các tổ chức, cá nhân mà còn cho cả các cơ quan Nhà nước trong quá trình người nộp thuế thực hiện giao dịch với cơ quan thuế.
Rõ ràng, từ các vấn đề trên, do chưa có sự thống nhất trong quy định về đăng ký thuế giữa Luật quản lý thuế và các quy định mới về đăng ký doanh nghiệp dẫn đến sự lúng túng nhất định cho các doanh nghiệp trong thực hiện thủ tục hành chính liên quan đến đăng ký thuế, đồng thời làm cho pháp luật Quản lý thuế trở nên không rõ ràng, minh bạch [4, 68].
Thông tư số 80/2012/TT-BTC hướng dẫn luật quản lý thuế về đăng ký thuếban hành ngày 22/5/2012, có hiệu lực từ 01/7/2012 thay thế cho Thông tư số 85/2007/TT-BTC đã giải quyết phần nào vướng mắc trên. Thông tư 80/2012/TT- BTC quy định rõ: Doanh nghiệp thành lập và hoạt động theo Luật Doanh nghiệp thực hiện đăng ký thuế theo quy định tại các Điều 19, 20, 21, 22, 23 và 33 Nghị định 43/2010/NĐ-CP ngày 15/4/2010 của Chính phủ về đăng ký doanh nghiệp và các văn bản hướng dẫn hiện hành, các đối tượng còn lại thực hiện thủ tục về đăng
ký thuế theo quy định của Luật quản lý thuế và Thông tư số 80/2012/TT-BTC ngày 25/05/2012.
Ngoài ra, Thông tư 85/2007/TT-BTC (Phần III) hướng dẫn đăng ký mã số thuế chưa hướng dẫn công khai thủ tục chấm dứt mã số thuế nên nhiều DN đã giải thể nhưng không làm thủ tục chấm dứt mã số thuế và giải thể DN do nhiều cơ quan thuế gây phiền hà trong xác định nghĩa vụ thuế. Khắc phục hạn chế này, Thông tư số 80/2012/TT-BTC đã dành hẳn mục 3, chương II, gồm 2 điều 14, điều 15 quy định về việc chấm dứt hiệu lực mã số thuế, và hồ sơ, thủ tục chấm dứt hiệu lực mã số thuế.