Cơ chế một cửa quốc gia tại Việt Nam đã chính thức được thực hiện cho tất cả các doanh nghiệp hoạt động trong lĩnh vực vận tải, Logistics tại tất cả các cảng biển quốc tế từ ngày 06/5/2015. Đến thời điểm hiện nay Bộ Tài chính (Tổng cục Hải quan) và các Bộ, ngành liên quan đã cơ bản chuẩn bị được các điều kiện đảm bảo để triển khai mở rộng Cơ chế một cửa quốc gia từ tháng 06/2015 đến hết năm 2015. Nhìn một cách tổng thể trong giai đoạn 1 và giai đoạn 2 của quá trình thí điểm xây dựng và thực hiện Cơ chế hải quan một cửa quốc gia tại Việt Nam vẫn còn gặp phải rất nhiều khó khăn và tồn tại đó là: i) chưa có một kế hoạch hoàn chỉnh chỉ tiết của các Bộ ngành về thực hiện Cơ chế một cửa dẫn đến bị động trong việc xây dựng hệ thống thông tin cung cấp các dịch vụ công thực hiện thủ tục hành chính; ii) cơ chế tài chính để triển khai hệ thống thông tin tại các Bộ, ngành áp dụng không thống nhất; iii) Sự phối hợp của các Bộ, ngành trong quá trình triển khai chưa thật ăn khớp, đầu mối triển khai tại các bộ ngành không đồng nhất; chúng ta gặp khó khăn trong thủ tục đầu tư khi quy mô các dự án thay đổi do số lượng dịch vụ công có nhu cầu đưa lên Cổng thông tin một cửa quốc gia gia tăng.
Hiện nay, đa phần các văn bản quy phạm pháp luật trong lĩnh vực quản lý Nhà nước liên quan đến hoạt động thương mại và vận tải quốc tế của Việt Nam đều phục vụ chủ yếu cho quy trình quản lý thủ công và chưa đáp ứng yêu cầu thực hiện Cơ chế một cửa. Mặt khác để đảm bảo tính khả thi trong thực hiện cam kết của Việt Nam, khi thực hiện thí điểm Cơ chế một cửa quốc gia các Bộ, ngành có xu hướng không thay đổi quy trình thủ tục mà bước đầu
chỉ tiến hành tin học hoá các quy trình này. Sau khi có kết quả thí điểm mới xây dựng quy trình thủ tục theo hướng áp dụng toàn diện chứng từ điện tử. Giải pháp chủ yếu để thực hiện thành công Cơ chế một cửa quốc gia của Việt Nam tiến tới kết nối với Cơ chế một cửa ASEAN vẫn là tiếp tục cải thiện môi trường kinh doanh, nâng cao năng lực cạnh tranh quốc gia và phải đưa ra được một kế hoạch tổng thể chi tiết để triển khai Cơ chế hải quan một cửa và kết nối vào ASEAN.
Thời gian tới để thực hiện thành công Cơ chế hải quan một cửa quốc gia và kết nối với Cơ chế một cửa ASEAN những công việc mang tính định hướng chung mà Việt Nam cần thực hiện như sau:
Thứ nhất tiếp tục rà soát và bổ sung các thủ tục hành chính để đưa vào thực hiện trong Cơ chế một cửa quốc gia do số lượng các thủ tục hành chính còn ít và mang tính thí điểm. Vì vậy để đáp ứng cho việc triển khai mở rộng, đầy đủ và toàn vẹn của Cơ chế một cửa trong thời gian tới chúng ta cần tiếp tục già soát các thủ tục hành chính liên quan đến hoạt động xuất nhập khẩu và vận tải quốc tế.
Thứ hai cải cách thủ tục hành chính, cung cấp dịch vụ trực tuyến và ứng dụng chữ ký số. Để thực hiện công việc này các Bộ, ngành cần tiến hành rà soát, sửa đổi các quy định hiện hành để công nhận hồ sơ điện tử và giấy phép điện tử trong thủ tục hành chính do Bộ, ngành mình quản lý hướng tới loại bỏ hoàn toàn hồ sơ giấy; tiếp tục định hướng áp dụng chữ ký số cho tất cả các giao dịch trên cổng thông tin một cửa quốc gia.
Thứ ba cần đưa ra quy định, quy trình về cơ chế tài chính và đầu tư để xây dựng cơ sở hạ tầng phục vụ cho thực hiện Cơ chế hải quan một cửa quốc gia và kết nối với Cơ chế một cửa ASEAN. Việt Nam cần thực hiện thủ tục xây dựng và phê duyệt kinh phí đầu tư hệ thống công nghệ thông tin để thực hiện kịp thời tiến độ Cơ chế một cửa và hơn hết là khi kết nối ASEAN Việt
Nam sẽ phải đóng kinh phí vận hành hệ thống một cửa ASEAN cùng với các thành viên khác do đó phải dành ra một khoản kinh phí được coi là nguồn kinh phí thường xuyên. Chi tiết và mức độ đóng phí cụ thể sẽ được trình Chính phủ trên cơ sở đồng thuận của các quốc gia thành viên ASEAN.
Thứ tư để hoàn thiện Cơ chế hải quan một cửa quốc gia tại Việt Nam và kết nối với Cơ chế hải quan một cửa ASEAN chúng ta cần tiếp tục kiện toàn bộ phận chuyên môn liên ngành và đẩy mạnh công tác phối hợp: trong quá trình thực hiện thí điểm Cơ chế hải quan một cửa quốc gia đòi hỏi sự phối hợp chặt chẽ, linh động và kịp thời giữa các đơn vị đầu mối tại các Bộ và cơ quan thường trực. Sự chủ động trong việc chỉ định đơn vị đầu mối, thành lập bộ phận công tác chuyên môn của các Bộ tham gia giúp việc cho việc triển khai chính thức và triển khai mở rộng Cơ chế một cửa quốc gia được hiệu quả.