M methionine * translation stop
THIẾT LẬP BẢN ĐỒ ENZYME CẮT GIỚI HẠN 1.Mục đích, nguyên tắc
1. Mục đích, nguyên tắc
Enzyme cắt giới hạn (Restriction enzyme) là enzyme của vi khuẩn, cĩ chức năng cắt DNA ở những vị trí cắt chuyên biệt. Những vị trí cắt chuyên biệt này được gọi là vị trí cắt giới hạn.
Trong tế bào vi khuẩn, enzyme cắt giới hạn cĩ chức năng bảo vệ tế bào vi khuẩn khỏi sự xâm nhập nhập của những DNA lạ chẳng hạn như DNA của thực khuẩn thể. Trong kỹ thuật di truyền, enzyme cắt giới hạn là một cơng cụ hữu hiệu dùng để dịng hĩa gen.
Bản đồ enzyme cắt giới hạn là bản đồ các vị trí cắt giới hạn trên tồn bộ bộ gen. Trong phân tích gen, đặc biệt là trong kỹ thuật gen, việc thiết lập bản đồ enzyme cắt giới hạn là rất cần thiết giúp người sử dụng nắm vững được các vị trí cắt giới hạn cĩ trên gen, giúp chọn enzyme cắt giới hạn hợp lý cho mục đích sử dụng.
Danh sách và trình tự cắt giới hạn của các enzyme cắt giới hạn thường sử dụng trong kỹ thuật gen được liệt kê và lưu giữ trong phần mềm sử dụng. Trên cơ sở đĩ, khi người sử dụng kích hoạt chức năng thành lập bản đồ enzyme cắt giới hạn, phần mềm chức năng sẽ dị tìm trên tồn bộ bộ gen các trình tự cắt giới hạn đã được liệt kê và cuối cùng thống kê kết quả trên cửa sổ hoạt động của chương trình (Hình 10.1.).
Bên cạnh đĩ, sau khi tìm kiếm và liệt kê danh sách các enzyme cắt giới hạn cĩ vị trí cắt trên trình tự DNA nghiên cứu. Một số phần mềm cịn cho phép thiết lập bản đồ cắt giới hạn của bộ gen quan tâm (Hình 10.2.).
Hình 10.2. Thiết lập bản đồ enzyme cắt giới hạn.
2. Nội dung thực hành
Sinh viên thực hành tìm vị trí cắt giới hạn của một số enzyme trên một số trình tự DNA cho sẵn. Thiết lập bản đồ cắt giới hạn của các trình tự bộ gen được lưu giữ trong máy.
3. Thực hành
- Khởi động chương trình DNAclub, nhập dữ liệu vào chương trình.
- Kích hoạt menu Restriction map.
4. Bài tập
1.Cho biết vị trí cắt của các enzyme EcoRI, PstI, BstXI trên trình tự DNA được lưu trữ trong tập tin TT5, thư mục Sequence của ổ đĩa hiện hành.
2.Hãy tạo tập tin RMap trong thư mục mang tên học viên với nội dung là bản
đồ enzyme cắt giới hạn của trình tự DNA được lưu trong tập tin TT6, thư mục Sequence của ổ đĩa hiện hành.
3.Hãy liệt kê các enzyme cắt giới hạn khơng thể cắt trình tự DNA 14 biết rằng trình tự này được lưu trong tập tin TT7, thư mục Sequence của ổ đĩa hiện hành.
Bài 11.