Xem xét trên địa bàn của thành phố, các di sản thiên nhiên không nhiều và không phải là thế mạnh có thể đưa vào khai thác được. Để có thể phát triển du lịch tạo thành các tour, tuyến du lịch thì cần có sự kết hợp với các điểm du lịch tự nhiên ở các huyện lân cận như trong đó phải kể đến: Khu du lịch sinh thái Măng Đen (Kon Plông), Vườn Quốc gia Chư Mom Ray (Sa Thầy), Rừng đặc dụng Đăk Uy (Đăk Hà), Khu bảo tồn thiên nhiên Ngọc Linh ( Đăk Glei), Khu vực lòng hồ Yaly...
Di sản thiên nhiên tiêu biểu Sông ĐăkBla
Điểm đặc biệt của thành phố Kon Tum cũng như của tỉnh Kon Tum là có dòng sông ĐăkBla như một dải lụa mềm chảy vắt ngang qua thành phố, dòng sông này không những đem lại nguồn nước và nguồn phù sa màu mỡ cho sản xuất nông nghiệp của nhân dân mà còn là một trong những hành trình khám phá du lịch của mọi du khách gần xa khi đến với Kon Tum.
Cùng với cầu treo Kon K’lor, sông Đăkbla đã tạo nên một cảnh đẹp nên thơ dành cho du khách đến với thành phố, là điểm nối giữa thành phố và các làng dân tộc Kon K’lor, Kon K’tu...
Một số điểm du lịch thiên nhiên phụ cận
Rừng đặc dụng Đăk Uy (Đăk Hà):
Cách thành phố Kon Tum 25Km về phía Bắc, theo QL 14. Rừng có diện tích 690 ha, nằm ở một địa hình bằng phẳng, thuận lợi về giao thông; khu vực này có nhiều loại gỗ quý, trong đó nhiều nhất là gỗ trắc. Rừng còn dấu vết của các loài động vật quý hiếm. Hiện nay, nhà đầu tư du lịch đã xây dựng nơi đây thành một khu du lịch sinh thái. Hàng năm thu hút một lượng lớn khách du lịch đến tham quan , dã ngoại và thưởng thức những món ăn dân dã và đặc sản, mang đậm phong cách địa phương ở nơi đây.
Rừng thông Măng Đen với Khu du lịch sinh thái Măng Đen (Kon Plông)
Từ Kon Tum theo QL 24 về hướng Đông khoảng 55km, du khách đến một rừng thông bạt ngàn trên bình nguyên bao la ở độ cao trên 1.100m so với mực nước biển. Ở đây, có những cây thông được trồng từ lâu, sừng sững cao vút. Hiện nay khu rừng thông đã được quy hoạch thành nhiều khu, tuyến, điểm du lịch với hệ thống biệt thự, nhà nghỉ đầy đủ các tiện nghi và dịch vụ du lịch, ngày càng thu hút nhiều du khách đến tham quan, nghỉ dưỡng.