Bên cạnh những mặt đạt được, việc còn tồn tại những mặt thiếu sót là điều không tránh khỏi đối với các lễ hội. Là một trong những lễ hội lớn của quốc gia, lễ hội Quán Thế Âm cũng vậy, mặc dù đã cố gắng hết sức nhưng những tồn tại trong khi lễ hội diễn ra vẫn còn.
Quán Thế Âm là một lễ hội lớn của thành phố Đà Nẵng. Thế nhưng, từ sân bay Đà Nẵng đến Non Nước - Ngũ Hành Sơn, một đoạn đường dài hơn 12km, và kể cả các cửa ngõ ra vào thành phố Đà Nẵng, không hề thấy một tín hiệu nào về sự quảng bá của một lễ hội này. Quảng bá chỉ trên trục đường Ngô Quyền dẫn đến chùa là quá khiêm tốn.
Thành phố Đà Nẵng được mệnh danh là vùng đất “địa linh”, có nhiều danh lam thắng tích nổi tiếng mà thiên nhiên đã ban tặng. Trong xu thế hội nhập, việc quảng bá du lịch là điều hết sức cần thiết. Lễ hội Quán Thế Âm là một lễ hội cấp quốc gia và là một lễ hội lớn của thành phố Đà Nẵng với hàng ngàn lượt người về trẩy hội. Do đó, việc quảng bá và tuyên truyền về tính chất của lễ hội trong quần chúng nhân dân nói chung là điều đáng quan tâm. Nhưng việc quảng bá về lễ hội lại chỉ nằm trong một khuôn khổ nhất định, nếu không nói là “bó hẹp”. Nói một cách khác hơn, nếu là một du khách phương xa, thì khi đến Non Nước, quận Ngũ Hành Sơn mới biết có Lễ hội Quán Thế Âm đang diễn ra.
Vẫn còn tồn tại tình trạng một số hộ dân kinh doanh xung quanh chùa lợi dụng lễ hội để tăng giá và chặt chém du khách. Nhóm thực hiện đề tài đã gửi xe máy với giá cắt cổ: 10000đ/chiếc. Các mặt hàng khác cũng đồng loạt tăng lên như mũ che nắng, quạt giấy, đá lưu niệm, tượng phật…
Tình trạng nhiều đối tượng xấu lợi dụng nơi tập trung đông người trộm cắp tài sản của du khách hành hương vẫn diễn ra trong lễ hội. Bên cạnh đó, sau lễ hội thì vấn đề xử lý rác thải cũng rất bất cập do du khách tới tham quan và ăn uống xả rác rất nhiều gây mất vệ sinh, làm giảm tính linh thiêng của lễ hội.
Trên đây là một số điểm còn tồn tại của lễ hội Quán Thế Âm - Đà Nẵng, để lễ hội những năm sau tốt hơn, ban quản lý lễ hội, chính quyền địa phương cần có những biện pháp thích hợp nhằm hạn chế đến mức thấp nhất những mặt còn tồn tại này. Khắc phục tốt được những nhược điểm trên sẽ tạo cho lễ hội Quán Thế Âm - Đà Nẵng ngày càng ấn tượng hơn trong mỗi du khách, xứng đáng là lễ hội cấp quốc gia, mang tính tôn giáo kết hợp với văn hoá dân tộc sâu sắc.