Với quy mô và hình thức tổ chức, lễ hội Quán Thế Âm Non Nước - Ngũ Hành Sơn rõ ràng là một lễ hội dân gian có những sắc thái riêng, kết hợp hài hòa văn hóa Phật giáo với văn hóa dân tộc, tạo nên một sự hấp dẫn thu hút nhiều thiện nam tín nữ và nhân dân trong thành phố và các du khách trong và ngoài nước.
Mỗi mùa lễ hội, UBND thành phố Đà Nẵng đều thành lập ban tổ chức lễ hội với sự phối kết hợp chặt chẽ của nhiều ban, ngành và đại diện của chùa Quán Thế Âm. Có 3 tiểu ban được thành lập và phân công từng nhiệm vụ cụ thể, bao gồm: Tiểu ban lễ tân, hậu cần; Tiểu ban văn hóa, thể thao, du lịch, thương mại; Tiểu ban an ninh, trật tự, vệ sinh môi trường và y tế. Đây là các tiểu ban đảm bảo túc trực, xử lý và giải quyết các vấn đề có khả năng phát sinh khi lượng người đổ về quá đông như buôn bán hàng rong, nạn trộm cắp, lưu hành văn hóa phẩm trái phép, hành nghề mê tín dị đoan, việc nâng giá phòng, dịch vụ,... trước và trong lễ hội. Do đó, mặc dù lượng khách đổ về lễ hội khá đông, khoảng 100.000 lượt khách mỗi năm nhưng lễ hội vẫn giữ được an ninh trật tự.
Đặc biệt, công tác tuyên truyền cũng rất được chú trọng. Chính quyền địa phương đã phối hợp chặt chẽ với trụ trì, tăng ni trong chùa để cùng tổ chức tốt lễ hội. Bên cạnh đó, chùa cũng phối hợp tuyên truyền cho các phật tử, du khách hạn chế đốt vàng mã, đốt hương nhiều trong chánh điện, danh thắng. Trong những kỳ lễ hội gần đây, nạn đốt vàng mã đã không còn. Mọi
người đến lễ chùa cũng không quá nặng nề chuyện mang lễ vật linh đình, đốt hương nghi ngút mà ý thức được đến lễ hội để cầu an, lên chùa thắp hương, niệm kinh, cầu ước nguyện bằng chính thực tâm của mình.