Tổ chức quản lý vàđiều hành trong đầu t rất quan trọng, nếu đểcho đầu t ồ ạt mà không quản lý thì sẽ dẫn đến việc nợtrong nớc và nớc ngoài ngày càng cao và đầu t không đúng hớng vào các lĩnh vực, ngành, thành phần kinh tế làm cho việc chuyển dịch cơ cấu kinh tế sẽ chậm hoặc là có xu hớng giảm xuống. Vì vậy phải có các tổ chức quản lý và điều hành trong các dự ánđầu t.
+ Công tác quản lý nợ nớc ngoài nói chung và quản lý dự án đầu t nói riêng cần đợc đặt dới sự chỉ đạo trực tiếp của Bộ chính trị, Ban Bí th và Thủ tớng chính phủ. Đồng thời cần thống nhất trong công tác quản lý tài chính, nguồn vốn của chính phủ vào một đầu mối nhằm theo dõi quản lý, tổng hợp tình hình và hiệu quả sử dụng đồng vốn theo đúng quy định của luật ngân sách nhà nớc. Nhà nớc có thể giám sát và quản lý trên phơng diện vĩ mô các hoạtđộng của chủ đầu t.
+ Nâng cao tính tự chủ và vai trò trách nhiệm của chủ đầu t. Chủ đầu t có quyền quyết định lĩnh vực đầu t phù hợp với quy hoạch phát triển của ngành hay của địa phơng, đồng thời chủ đầu t phải chịu trách nhiệm về hiệu quả của dự án.
+ Báo cáo nghiên cứu khả thi dự án đầu t là căn cứ để đàm phán, ký kết hợp đồng dự án đầu t. Do vậy chỉ ký kết hợp đồng dự án đầu t sau khi báo cáo nghiên cứu khả thi dự án đợc duyệt, vừa đảm bảo việc triển khai dự án. Tuân thủ quyết định đầu t, vừa tránh đợc dự án phải trả phí cam kết khống.
+ Thành lập các công ty t vấn cấp quốc gia về đánh giá các chơng trình, dự án và mua sắm quốc tế nhằm tăng cờng hiệu quảquản lý của nhà nớc về đầu t, tiếp tục đơn giản hoá thủ tục hành chính. Cần rà soát và loại bỏ các thủ tục rờm rà và tổn phí thời gian trong các khâu phê duyệt dự án, ký kết hợp đồng theo hớng đơn giản hoá các giấy tờ và cấp trung gian xử lý. Ban hành quy chế theo dõi, kiểm tra và đánh giá dự án ( trớc, trong và sau khi kết thúc dựánđầu t ).