APDU lệnh chứa phần đầu (header) và phần thân (body), mỗi một phần lại đƣợc chia
làm nhiều trƣờng nhỏ.
Phần đầu gồm trƣờng CLA, INS, P1 và P2. CLA và INS định nghĩa lớp ứng dụng và nhóm lệnh. Trƣờng P1 và P2 dùng để mô tả các lệnh cụ thể, do đó đƣa ra đƣợc các định nghĩa riêng cho mỗi lệnh [CLA, INS].
Phần thân của APDU là thành phần có kích cỡ biến đổi, dùng để chuyển thông tin tới bộ xử lý của thẻ nhƣ một phần của lệnh. Trƣờng Lc chỉ số byte dữ liệu đƣợc chuyển tới thẻ; nó chứa chiều dài của trƣờng dữ liệu. Trƣờng dữ liệu chứa dữ liệu cần gửi cho thẻ để bộ xử lý APDU có thể thi hành các lệnh trong APDU. Trƣờng Le chỉ rõ số lƣợng byte sẽ đƣợc gửi trả thiết bị đầu cuối từ bộ xử lý APDU của thẻ trong APDU đáp ứng.
Phần thân của APDU có thể có bốn dạng khác nhau:
Không có dữ liệu đƣợc gửi đến và từ thẻ, vì vậy APDU chỉ chứa duy nhất phần đầu. Đây là trƣờng hợp 1.
Không có dữ liệu gửi tới thẻ nhƣng có dữ liệu trả lời từ thẻ, vì vậy phần thân của APDU chỉ chứa trƣờng không rỗng Le. Đây là trƣờng hợp 2.
Có dữ liệu gửi tới thẻ nhƣng không có dữ liệu gửi trả từ thẻ, vì vậy phần thân của APDU chứa trƣờng Lc và trƣờng dữ liệu. Đây là trƣờng hợp 3.
Có dữ liệu gửi tới thẻ và có dữ liệu gửi từ thẻ vì vậy phần thân của APDU chứa trƣờng Lc, trƣờng dữ liệu, và trƣờng Le. Đây là trƣờng hợp 4.
APDU đáp ứng gồm 2 phần: phần thân và phần đuôi (trailer).
Phần đuôi (trailer) là phần bắt buộc gồm 2 trƣờng trạng thái thông tin là SW1 và SW2. Những trƣờng này trả về (từ bộ xử lý APDU của thẻ) thiết bị đầu cuối các mã trạng thái. Theo chuẩn ISO/IEC 7816-4, mã trạng thái này có một byte dùng để chuyển các loại lỗi, một bye dùng để chuyển trạng thái cụ thể của lệnh hoặc sự chỉ dẫn lỗi (error indication).
Phần thân là phần tuỳ chọn chứa dữ liệu trả về thiết bị đầu cuối từ thẻ nếu có.