Kết quả phân tích mối quan hệ di truyền giữa các loài Ô đầu thuộc chi
Aconitum dựa trên trình tự nucleotide của đoạn gen matK trên sơ đồ hình cây
cho thấy từ các mẫu Ô đầu được chia làm hai nhánh chính (Hình 3.11).
Hình 3.11. Sơ đồ hình cây mô tả mối quan hệ di truyền giữa các loài Ô đầu thuộc chi Aconitum dựa trên trình tự nucleotide của đoạn gen matK.
Các trình tự mang mã số KT820671, KT820670, KT820668, KT820666, KX347251 và KY407559 thuộc nhánh I và trình tự mang mã số KY407560, LC228508 và HG-matK thuộc nhánh II (Hình 3.9). Nhánh thứ hai lại chia làm 2 nhánh phụ, trong đó trình tự mang mã số KY407560 và LC228508 thuộc nhánh phụ thứ nhất và trình tự HG-matK thuộc nhánh phụ thứ hai. Khoảng
cách di truyền giữa 2 nhánh chính I và II là 42,8%. Trình tự đoạn gen matK
phân lập từ cây Ô đầu Hà Giang (HG-matK) và trình tự mang mã số KY407560 cùng loài Aconitum carmichaelii thuộc cùng nhánh I.
3.2.2. Nhận diện mẫu Ô đầu bằng mã vạch ITS
DNA tổng số được tách từ lá non của mẫu Ô đầu và được kiểm tra hàm lượng và chất lượng bằng phương pháp quang phổ hấp thụ và điện di trên gel agarose 0,8%. Khuếch đại vùng ITS từ DNA tổng số bằng PCR với cặp mồi ITS-F/ITS-R, kết quả thu được đoạn DNA có kích thước khoảng 0,29 kb đúng
như kích thước dự kiến (Hình 3.12).
t 0,25 kb t 0,5 kb
u
Hình 3.12. Kết quả điện di kiểm tra sản phẩm PCR nhân bản vùng ITS từ hệ gen cây Ô đầu
M: marker; 1, 2 là sản phẩm nhân bản vùng ITS của mẫu Ô đầu thu thập tại Hà Giang
Kết quả giải trình tự nucleotide thu được đoạn DNA có kích thước gồm 284 nucleotide (Hình 3.14). Sử dụng phần mềm BLAST trong NCBI (Hình 3.13) kết quả phân tích cho thấy đoạn DNA phân lập từ mẫu Ô đầu thu tại huyện Quản Bạ, Hà Giang có độ tương đồng 99% với các trình tự ITS thuộc
loài Aconitum carmichaelii. Như vậy, có thể nhận xét rằng mẫu cây Ô đầu thu tại huyện Quản Bạ, Hà Giang thuộc loài Aconitum carmichaelii.
Hình 3.13. Kết quả phân tích bằng BLAST đoạn DNA phân lập từ mẫu Ô đầu Quản Bạ, Hà Giang
Kết quả so sánh với các trình tự vùng ITS mang mã số KU041716,
KU041717, KU041718, KU041718 trên GenBank cho thấy độ tương đồng là 99%. Hình 3.14 thể hiện 11 vị trí sai khác giữa trình tự vùng ITS của mẫu Ô đầu Quản Bạ, Hà Giang so với trình tự mang mã số KU041716 trên GenBank. Các vị trí nucleotide sai khác là: 13, 18, 48, 59, 68, 125, 131, 153, 160, 201, 218.
Hình 3.14. Trình tự nucleotide vùng ITS của mẫu Ô đầu Quản Bạ, Hà Giang và của cây Ô đầu mang mã số KU041716 trên GenBanK
Aconitum dựa trên kết quả so sánh trình tự nucleotide của vùng ITS2 (Hình 3.14). Sơ đồ hình cây cho thấy 6 loài Ô đầu thuộc cùng chi Aconitum được
phân thành hai nhánh chính, nhánh thứ nhất gồm 5 mẫu lấy dữ liệu trên GenBanK và chia thành 2 nhánh phụ. Ở nhánh phụ thứ nhất có 4 trình tự mang mã số KU041719, KU041718, KU041717 và KU041716. Trình tự AY189802 thuộc nhánh phụ thứ hai Nhánh thứ hai chỉ có mẫu Ô đầu Hà Giang. Khoảng cách di truyền giữa hai nhánh chính I và II là 2%.