Công tác thẩm định còn bị động về mặt thời gian, nguồn tài liệu và chịu sự chi phối của chủ đầu tư. Cơ chế vận hành hiện nay là hầu hết các dự án khi đến tay cán bộ thẩm định đã được ngườicó thẩm quyền phê duyệt, mặc dù chưa qua công tác thẩm định dự án, chưa biết hiệu quả của dự án ra sao. Điều đó có ảnh hưởng đến tính độc lập trong thẩm định các dự án đầu tư. Khi thẩm định dự án, điều quan tâm trước tiên là các dự án có nhu cầu thu hút nguồn tài chính và có khả năng tạo ra các lợi ích tài chính. Trên cơ sở phân tích dòng tiền sẽ đánh giá được tiềm năng sinh lời, nhu cầu tài chính, khả năng trả nợ… Vì vậy, khi thẩm định các dự án, nếu theo đúng quy trình với nội dung và quan điểm của cán bộ thẩm định , thì kết quả có thể là không nên đầu tư và như vậy là tạo thế đối lập với lãnh đạo mà việc lý giải không phải dễ dàng. Muốn phát huy tính chủ động và độc lập trong quá trình thẩm định dự án đầu tư cần thực hiện một số vấn đề chủ yếu sau:
- Lãnh đạo và cán bộ thẩm định giữ vững vai trò độc lập khi xem xét thẩm định dự án đầu tư.
- Phân biệt rõ chức năng hoạt động đúng chuyên môn của các phòng. Quy trình thẩm định dự án đầu tư được tiến hành có sự tham gia của chuyên viên thuộc các phòng chức năng. Các phòng cần phối hợp với nhau để đảm bảo tính thống nhất, đồng bộ và tiến độ thẩm định dự án nhưng vẫn phải đảm bảo tính độc lập giữa các phòng chức năng. Các phòng sau khi tiến hành thẩm định về tài chính, kỹ thuật... một cách
độc lập theo đúng mục tiêu của dự án thì sẽ báo cáo kết quả thẩm định trình lãnh đạo theo đúng mục tiêu quy mô, năng lực của dự án. Kết quả thẩm định hoàn toàn độc lập, rõ ràng, khách quan không chịu sự tác động giữa các phòng chức năng với nhau và tác động theo ý chủ quan của cấp lãnh đạo .