TT
Giống / Mã số trên GenBank
Năm công bố Đối tượng
1 XM_025101133 2018 Cam đỏ
2 XM_006486355 2018 Cam đỏ
3 FJ643600 2009 Quả Dương đào
4 XM_006435547 2018 Cam đỏ
5 XM_024064261 2007 Cam đỏ
6 XM_021440284 2017 Cam đỏ
7 XM_021440285 2017 Cam đỏ
Các trình tự gen được sử dụng để so sánh có 7 mẫu (mang mã số XM_025101133, XM_006435547, XM_006486355, XM_021440284, XM_021440285, XM_024064261, FJ643600) và 1 mẫu BS-LS. Kết quả ở bảng 3.4 cho thấy hệ số tương đồng giữa các cặp so sánh dao động từ 69,0% đến 99,5%; còn hệ số sai khác từ 0,0% đến 40,1%.
Bảng 3.4. Hệ số tương đồng và hệ số phân ly của trình tự nucleotide của gen
GDP-D phân lập từ giống quýt BS-LS và các trình tự trên GenBank
Mối quan hệ di truyền của 8 mẫu quýt trên cơ sở phân tích gen GDP-D
được thể hiện ở sơ đồ hình cây trên hình 3.7.
Hình 3.7. Sơ đồ hình cây mô tả mối quan hệ của BS-LS với các trình tự đã
công bố trên GenBank dựa trên trình tự nucleotide của gen GDP-D
Sơ đồ hình cây (Hình 3.7) dựa trên kết quả so sánh trình tự nucleotide của
gen GDP-D cho thấy, 8 mẫu được phân thành hai nhóm chính, nhóm I gồm 7
mẫu chia thành hai nhóm phụ, nhóm phụ 1 gồm 6 mẫu: XM_025101133, XM_006435547, XM_006486355, XM_021440284, XM_021440285, BS-LS; nhóm phụ 2 gồm 1 mẫu là XM_024064261. Nhóm phụ 1 lại chia thành 2 nhóm nhỏ: nhóm nhỏ 1 gồm 4 mẫu là XM_025101133, XM_006435547, XM_006486355, BS-LS; nhóm nhỏ 2 gồm 2 mẫu XM_021440284,
XM_021440285; nhóm nhỏ 1 chia thành 2 nhánh: nhánh 1 gồm 3 mẫu: XM_025101133, XM_006435547, XM_006486355; nhánh 2 gồm 1 mẫu BS- LS; nhánh 1 chia thành 2 nhánh nhỏ: nhánh nhỏ 1 gồm 2 mẫu: XM_006435547, XM_006486355; nhánh nhỏ 2 gồm 1 mẫu XM_025101133. Nhóm II gồm 1 mẫu là FJ643600. Như vậy, mẫu quýt BS-LS mà chúng tôi nghiên cứu thuộc nhóm chính I.
Tiếp tục phân tích mối quan hệ của 8 mẫu dựa trên trình tự amino acid suy diễn, kết quả thể hiện ở bảng 3.5.
Bảng 3.5. Hệ số tương đồng và hệ số phân ly của BS-LS và các trình tự trên
GenBank dựa trên trình tự amino acid suy diễn của gen GDP-D
Kết quả ở bảng 3.5 cho thấy, hệ số tương đồng giữa các cặp so sánh dao động từ 94,8% đến 99,9%; còn hệ số sai khác từ 0,0% đến 3,1%.
Hình 3.8. Sơ đồ hình cây mô tả mối quan hệ của BS-LS với các trình tự đã
công bố trên GenBank dựa trên trình tự amino acid suy diễn của gen GDP-D
Khoảng cách di truyền được tính trên cơ sở so sánh trình tự nucleotide của gen GDP-D giữa 2 nhóm là 30.5% (Hình 3.7), còn dựa trên trình tự amino acid thì khoảng cách di truyền giữa các nhóm là 1,4% (Hình 3.8). Kết quả phân tích này cho thấy các trình tự nucleotide của gen GDP-D ở các mẫu quýt khác nhau tương đối nhiều, chúng mã hóa nhiều amino acid khác nhau, dẫn tới tổng hợp các enzyme GDP-D có chức năng xúc tác khác nhau. Vì vậy, khả năng tổng hợp vitamin C ở các mẫu cũng khác nhau.
KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ 1. Kết luận
1.1 Gen GDP-D phân lập từ mẫu quýt BS-LS đã được nhân bản thành công bằng phản ứng PCR với cặp mồi đặc hiệu GDP-F/GDP-R có kích thước 1083bp.
1.2 Trình tự gen GDP-D phân lập từ mẫu quýt BS-LS có 282 base loại A, 294 base loại T, 212 base loại C, 295 base loại G. Tỷ lệ A+T= 53,19%; G+C= 46,81%.
1.3 Trình tự nucleotide của gen GDP-D của giống quýt BS-LS tương đồng với trình tự nucleotide của gen GDP-D mang mã số HQ224946 là 99% và tương đồng trình tự mang mã số FJ643600 là 87,3%.
1.4 Trình tự amino acid suy diễn từ gen GDP-D của giống quýt BS-LS giống trình tự amino acid của protein mang mã số ADV59923 (do HQ224946 mã hóa) là 99% và giống protein mang mã số ACN38266 (do FJ643600 mã hóa) là 95,9%.
1.5 Hệ số tương đồng của trình tự gen GDP-D ở mẫu quýt nghiên cứu so với 7 mẫu trên GenBank dao động từ 69,0% đến 99,5%, hệ số sai khác là 0,1% đến 4,7%. Hệ số tương đồng về trình tự amino acid suy diễn của 8 mẫu so sánh dao động từ 98,4% đến 99,9%.
2. Đề nghị
Tiếp tục nghiên cứu trình tự đoạn mã hóa gen GDP-D làm cơ sở cho việc thiết kế vector chuyển gen mang cấu trúc GDP-D phục vụ chuyển gen để cải thiện hàm lượng vitamin C ở cây quýt.
TÀI LIỆU THAM KHẢO I. Tài liệu tiếng Việt
1. Đường Hồng Dật (2003), Cam, chanh, quýt, bưởi và kỹ thuật trồng, Nxb Lao động - Xã hội.
2. Nguyễn Hữu Hiệp, Trần Nhân Dũng, Đặng Thanh Sơn và Nguyễn Văn Được (2004), “Đa dạng sinh học giống cây có múi ở huyện Gò Quao, tỉnh Kiên Giang”, Tạp chí Khoa học, số 1: 111-121.
3. Chu Hoàng Mậu (2008), Phương pháp phân tích di truyền hiện đại trong
chọn giống cây trồng, Nxb Đại học Thái Nguyên.
4. Trần Đình Long (1997), Chọn giống cây trồng, Nxb Nông nghiệp.
5. Hoàng Trọng Phán (2008), Cơ sở di truyền chọn giống thực vật, Nxb Đại học Huế.
6. Hoàng Thị Sản (2004), Phân loại học thực vật, Nxb Giáo dục.
7. Khuất Hữu Thanh (2003), Cơ sở di truyền phân tử và kĩ thuật gen, Nhà xuất bản khoa học kĩ thuật.
8. Nguyễn Duy Thành (2000), Cơ sở di truyền chọn giống thực vật, Nxb Khoa học Kỹ thuật.
9. Lê Duy Thành (2003), Cơ sở di truyền chọn giống thực vật, Nxb Nông nghiệp. 10. Quyền Đình Thi (2005), Những kỹ thuật cơ bản trong phân tích DNA, Nhà
xuất Bản Khoa học và Kỹ thuật.
11. Nguyễn Nghĩa Thìn, Đặng Thị Sy (2000), Phân loại học thực vật, Nxb ĐHQGHN.
12. Đặng Thị Thu, Lê Ngọc Tú, Tố kim Anh, Phạm Thu Thủy, Nguyễn Xuân Sâm (2003), Công nghệ Enzym, Nxb Khoa học và Kỹ thuật.
13. Nguyễn Văn Uyển, Những phương pháp công nghệ sinh học thực vật, Tập 1 (1995), Tập 2 (1996), Nxb Nông nghiệp, TP Hồ Chí Minh.
14. Đào Thanh Vân, Ngô Xuân Bình (2003), Giáo trình cây ăn quả (Giáo trình Sau đại học), Nxb Nông nghiệp.
15. Đỗ Năng Vịnh (2008), Cây ăn quả có múi - Công nghệ sinh học chọn tạo giống, Nxb Nông nghiệp.
II. Tài liệu tiếng Anh
16. Mohd Anwar Ahmad, Rashmi Gaur (2012) “Comparative biochemical and RAPD analysis in two varieties of rice (Oryza sativa) under arsenic stress by using various biomarkers”, Journal of Hazardous Materials, Volumes 217- 218, Pages 141-148.
17. Sadaf Altaf, Muhammad M. K. (2014), “Morphogenetic characterization of seeded and seedless varieties of Kinnow Mandarin (Citrus reticulata
Blanco)”, Australian Jounal of Crop Science (AJCS, (11): 1542-1549.
18. Goh Pik Seah ELCY , Mansor Clyde MAHANI, Yong-Jin PARK, Normah Mohd NOOR (2011), “Simple Sequence Repeat (SSR) profiling of ultivated Limau Madu (Citrus reticulata Blanco) in Malaysia”, Biotechnol. Fac. Sci. Technol., Univ.Kebangsaan Malaysia, 43600UKM Bangi, Selangor, Malaysia, Fruits, 67-74. DOI:10.1051/fruits/2011070.
19. Kinley Dorji, Chinawat Yapwattanaphun (2015), “Assessment of the genetic variability amongst mandarin (Citrus reticulata Blanco) accessions in Bhutan using AFLP marker”, BMC Genetics, 16:39 DOI 0.1186/s12863- 015-0198-8.
20. Behrouz Golein, M Nazeryan, B Babakhani (2012), “Assessing genetic variability in male sterile and low fertile citrus cultivars utilizing simple sequence repeat markers (SSRs)”, African Journal of Biotechnology, 11(7), 1632-1638.
21. Nicholas Smirnoff, Glen L.Wheeler (2000), “Ascorbic Acid in Plants Biosynthesis and Functio”, Critical Reviews in Biochemistry and Molecular
Biology. UK, 291-314.
22. Xiao-Yan Yang Jin-Xia Xie, Fang-Fang Wang, Jing Zhong, Yong-Zhong Liu, Shu-Ang Peng (2011), “Comparison of ascorbate metabolism in fruits of
two citrus species with obvious difference in ascorbate content in pulp”,
Journal of Plant Physiology, 168 (02) 2196-2205.
23. Junjie Tao, Han Wu, Zhangyun Li, Chunhui Huang and Xiaobiao Xu (2018) “Molecular Evolution of GDP-D-Mannose Epimerase (GME), a Key Gene in Plant Ascorbic Acid Biosynthesis”, Front Plant Sci
DOI: [10.3389/fpls.2018.01293]
24.Gilbert L, Alhagdow M, Nunes-Nesi A, Quemener B, Guillon F, Bouchet B, Faurobert M, Gouble B, Page D, Garcia V, Petit J, Stevens R, Causse M, Fernie AR, Lahaye M, Rothan C, Baldet P.(2009) “GDP-D- mannose 3,5-epimerase (GME) plays a key role at the intersection of ascorbate and non-cellulosic cell-wall biosynthesis in tomato”,Plant J, 60(3):499-508, DOI: 10.1111/j.1365-313X.2009.03972.
III. Trang web tham khảo
25. https://vi.wikipedia.org/wiki/Vitamin_C 26.http://khoahoc.tv/tim-ra-bi-an-cua-co-che-tong-hop-vitamin-c-o-thuc-vat- 15341 27.http://thegioicaygiong.vn/san-pham/giong-cay-quyt-ngot.html/ 28.http://www.hoahocngaynay.com/vi/hoa-hoc-va-doi-song/hoa-thuc- pham/239-vitamin-c.html 29. http://suckhoedoisong.vn/vo-quyt-vi-thuoc-da-nang-n115235.html