Theo con số thống kê của 34 trường đại học trên cả nước, từ năm 2006- 2009 cả nước có 248 đề tài cấp Nhà nước; 1.823 đề tài cấp bộ; 5.505 đề tài cấp trường, với tổng kinh phí thực hiện là hơn 136 tỷ đồng. Nghĩa là trong một năm, trung bình một trường chỉ thực hiện được khoảng hai đề tài cấp Nhà nước, 17 đề tài cấp bộ và 54 đề tài cấp trường. Cả nước có khoảng 61.000 giảng viên nhưng chỉ có khoảng 28,4% số giảng viên tham gia hoạt động khoa học công nghệ và chuyển giao công nghệ, trong đó, bình quân tỷ lệ giảng viên tham gia hoạt động khoa học công nghệ ở nhiệm vụ cấp Nhà nước chỉ chiếm từ 0,55% đến 4,6% số giảng viên của trường.
Tuy nhiên bên cạnh những thành tựu đạt được về hoạt động khoa học công nghệ tại các trường Đại học thì còn nhiều vấn đề cần đề cập đến trong quá trình quản lý hoạt động khoa học công nghệ.
Thứ nhất, trình độ giảng viên tại các trường Đại học chưa đồng đều, đối với các hệ tri thức mới tình hình cập nhật còn hạn chế. Bên cạnh đó trình độ ngoại ngữ không đủ để học hỏi trên các tài liệu của nước ngoài. Lương thấp, cơ chế quản lý dựa trên thâm niên công tác không khuyến khích được đội ngũ giảng viên trẻ năng động tham gia nhiều hơn vào hoạt động khoa học công nghệ. Ngoài ra, số tiết giảng dạy của các giảng viên tại các trường Đại học ở Việt Nam lớn hơn rất nhiều so với các giảng viên ở các nước khác.
Thứ hai, hoạt động khoa học công nghệ chưa được đặt đúng mức tại các trường Đại học ở Việt Nam. Điều này thể hiện ở việc nhiều người xuất sắc, tâm huyết nghiêm túc không được trọng dụng và tận dụng tối đa. Nếu như những người này ở các nước có nền khoa học công nghệ tân tiến họ rất có thể phát huy hết khả năng, năng lực và giữ những vai trò quan trọng trong các trường Đại học.
Thứ ba, chưa gắn kết chặt chẽ giữ nhà trường và doanh nghiệp vì vậy kết quả của hoạt động khoa học công nghệ chưa được đưa ra ứng dụng nhiều. Hiện nay một số trường cũng đã thực hiện công tác liên kết giữa doanh nghiệp và nhà trường tuy nhiên vẫn còn thưa thớt.
Thứ tư, nguồn kinh phí cho các hoạt động khoa học công nghệ còn hạn chế và cơ chế thanh toán cho hoạt động này còn có nhiều vấn đề bất cập.
Bên cạnh đó, dựa trên thông tư số 37/2012/TT-BGDĐT ngày 30 tháng 10 năm 2012 của Bộ trưởng Bộ Giáo dục và Đào tạo sửa đổi, bổ sung một số điều của Quyết định số 65/2007/QĐ-BGDĐT ngày 01 tháng 11 năm 2007 của Bộ trưởng Bộ Giáo dục và Đào tạo ban hành Quy định về tiêu chuẩn đánh giá chất lượng giáo dục trường đại học; Quyết định số 66/2007/QĐ-BGDĐT ngày 01 tháng 11 năm 2007 của Bộ trưởng Bộ Giáo dục và Đào tạo ban hành Quy định về tiêu chuẩn đánh giá chất lượng giáo dục trường cao đẳng, có hiệu lực kể từ ngày 01 tháng 01 năm 2013. Trong thông tư nêu rõ tiêu chuẩn thứ 7 về hoạt động khoa học công nghệ, ứng dụng, phát triển và chuyển giao công nghệ cụ thể như sau:
1. Xây dựng và triển khai kế hoạch hoạt động khoa học, công nghệ phù hợp với sứ mạng nghiên cứu và phát triển của trường đại học.
2. Có các đề tài, dự án được thực hiện và nghiệm thu theo kế hoạch. 3. Số lượng bài báo đăng trên các tạp chí chuyên ngành trong nước và quốc tế tương ứng với số đề tài nghiên cứu khoa học và phù hợp với định
hướng nghiên cứu và phát triển của trường đại học.
4. Hoạt động nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ của trường đại học có những đóng góp mới cho khoa học, có giá trị ứng dụng thực tế để giải quyết các vấn đề phát triển kinh tế - xã hội của địa phương và cả nước.
5. Đảm bảo nguồn thu từ nghiên cứu khoa học và chuyển giao công nghệ không ít hơn kinh phí của trường đại học dành cho các hoạt động này.
6. Các hoạt động nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ của trường đại học gắn với đào tạo, gắn kết với các viện nghiên cứu khoa học, các trường đại học khác và các doanh nghiệp. Kết quả của các hoạt động khoa học và công nghệ đóng góp vào phát triển các nguồn lực của trường.
7. Có các quy định cụ thể về tiêu chuẩn năng lực và đạo đức trong các hoạt động khoa học và công nghệ theo quy định; có các biện pháp để đảm bảo quyền sở hữu trí tuệ.