Phương pháp điều trị gia cầm mắc bệnh do ORT bằng kháng sinh là một điều rất khó bởi rất nhiều chủng vi khuẩn ORT có khả năng làm giảm độ nhạy hoặc có tính kháng cao với nhiều loại kháng sinh như: Amoxicillin, Ampicillin, Doxycycline, Enrofloxacin, Flumequine, Gentamycin, Lincomycin, Tetracycline và Tylosin (Alongkorn Amonsin và cs., 1997; Charlton và cs., 1993)
Tính nhạy cảm của vi khuẩn với kháng sinh có thể phụ thuộc vào chế độ sử dụng kháng sinh ở ngành chăn nuôi gia cầm ở các quốc gia, khu vực khác nhau. Ví dụ: ở một quốc gia, trứng thường được nhúng vào một loại kháng sinh như Enrofloxacin thì gần như tất cả các chủng sẽ có thể kháng với loại kháng sinh đó (Van Empel và cs., 1997).
Năm 1996, trong một báo cáo đã chỉ ra rằng: Cho uống Amoxicillin pha với liều 250 ppm cho 3 - 7 ngày cho kết quả khá tốt ở nhiều trường hợp và việc sử dụng Chlor Tetracycline với liều 500 ppm pha nước uống 4 - 5 ngày cũng cho hiệu quả (Hafez, 1996). Tuy nhiên, các nghiên cứu gần đây cho thấy điều trị bằng Amoxicillin không còn hiệu quả (Marien và cs., 2006).
Trong một vài trường hợp, tiêm Tetracycline và Penicillin cũng cho hiệu quả cao. Theo một nghiên cứu đã cho thấy hầu hết các chủng phân lập đều nhạy cảm với Lincospectrin (Lincomycin + Spectinomycin), doxycycline và neomycin (Chin và Droul, 1998).
Mặt khác, một nghiên cứu đã chỉ ra rằng: 68 chủng vi khuẩn ORT phân lập được tại Mỹ cho kết quả mẫn cảm với Ampicillin, Erythromycin, Penicillin, Spectinomycin và Tylosin. 54 trong tổng số 68 chủng phân lập mẫn cảm với Neomycin, Sarafloxacin và Tetracycline (Nagaraja và cs., 1998). Điều này cũng được kiểm chứng với các chủng phân lập được ở Đức, nhưng tỷ lệ mẫn cảm thấp hơn đáng kể đối với Erythromycin và Sarafloxacin khi so sánh với các chủng phân lập tại Mỹ.
Ngoài ra, theo một số nghiên cứu ở các nước như Đức, Mỹ thì các chủng phân lập ở mỗi nước sẽ có độ mẫn cảm khác nhau với một số loại kháng sinh như Ampicillin, Erythromycin, Tylosin, Neomycin,…(Charlton B. R và cs., 1993).