12.1. Ưu điểm:
Chưa phải nộp thuế nhập khẩu. Khi hàng được lưu giữ trong kho ngoại quan chủ hàng sẽ không phải trả bất kỳ loại thuế nhập khẩu nào cho hàng hóa được mua từ nước ngoài. Như vậy doanh nghiệp tiết kiệm một khoản tiền để đầu tư sinh lời ở mảng kinh doanh khác.
Lưu kho dài hạn. Hàng hóa được lưu giữ trong kho ngoại quan lên đến 5 năm nên doanh nghiệp có thể trữ hàng và đợi cho đến khi nhu cầu thị trường tăng cao mới xuất hàng ra để tăng doanh thu.
Nơi lưu trú cho hàng hóa bị hạn chế nhập khẩu. Nếu hàng hóa đang trong quá trình xin giấy phép các loại để nhập khẩu vào một quốc gia hay di chuyển đi nơi khác thì có thể đưa vào kho ngoại quan để lưu trữ tạm thời.
Doanh nghiệp làm dịch vụ kho ngoại quan dễ bố trí sắp xếp hàng khoa học qua đó giảm được chi phí và thời gian, doanh nghiệp gửi hàng tại kho ngoại quan cũng dễ dàng theo dõi tình trạng hàng hóa của mình đang gửi tại kho.
12.2. Khó khăn
Hàng hóa từ nước ngoài hoặc từ nội địa, từ khu phi thuế quan đưa vào kho ngoại quan, chủ hàng hoặc người được chủ hàng ủy quyền phải làm thủ tục nhập kho ngoại quan tại Chi cục Hải quan quản lý kho ngoại quan.
Hàng hóa từ kho ngoại quan đưa ra nước ngoài hoặc đưa vào nội địa hoặc các khu phi thuế quan, chủ hàng hoặc người được chủ hàng ủy quyền phải kê khai thông tin hàng hóa xuất kho ngoại quan với Chi cục Hải quan quản lý kho ngoại quan. Trường hợp nhập khẩu vào thị trường Việt Nam thì phải làm thủ tục hải quan như đối với hàng hóa nhập khẩu từ nước ngoài theo loại hình nhập khẩu tương ứng; thời điểm nhập khẩu thực tế hàng hóa là thời điểm cơ quan hải quan xác nhận hàng hóa đưa ra khỏi kho ngoại quan. Hàng hóa gửi kho ngoại quan thuộc diện buộc phải tái xuất theo quyết định của cơ quan quản lý nhà nước có thẩm quyền thì không được phép nhập khẩu trở lại thị trường Việt Nam.
Hàng hóa vận chuyển từ cửa khẩu nhập đến kho ngoại quan; hàng hóa từ kho ngoại quan đến cửa khẩu xuất; hàng hóa từ nội địa đưa vào kho ngoại quan và ngược lại phải làm thủ tục hải quan như đối với hàng hóa vận chuyển đang chịu sự giám sát hải quan, trừ trường hợp hàng hóa đã làm thủ tục xuất khẩu từ nội địa hoặc hàng hóa khi làm thủ tục nhập khẩu vào nội địa đã mở tờ khai vận chuyển kết hợp.