Ngày 30/03/1995, Tổng giám đốc Ngân hàng Công thương Việt Nam ra quyết định số 83/NHCT-QĐ chuyển bộ phận giao dịch trực tiếp tại Hội sở chính Ngân hàng Công thương Việt Nam để thành lập Sở giao dịch Ngân hàng Công thương Việt Nam. Trong giai đoạn này, cùng với những thành quả ban đầu của công cuộc đổi mới, hoạt động kinh doanh của Sở giao dịch đã thu được nhiều kết quả quan trọng như củng cố và mở rộng mạng lưới, trang bị cơ sở vật chất kỹ thuật, đa dạng hóa sản phẩm dịch vụ nên đã có sự tăng trưởng cao. Đến năm 1998, nguồn vốn huy động đạt 5,572 tỷ đồng tăng 133 lần; dư nợ cho vay đạt 870 tỷ đồng, tăng 23 lần so với năm 1988.
Ngày 30/12/1998, Chủ tịch HĐQT Ngân hàng Công thương Việt Nam ra Quyết định số 134/QĐ-HĐQT-NHCT1 chuyển tên của Sở giao dịch thành Sở giao dịch I - Ngân hàng Công thương Việt Nam kể từ ngày 01/01/1999. Một lần nữa cơ cấu tổ chức thay đổi, các phòng, ban được sắp xếp lại để đáp ứng yêu cầu kinh doanh trong tình hình mới. Kế thừa thành quả và kinh nghiệp sau 10 năm hoạt động, Sở giao dịch I vẫn duy trì được sự phát triển nhanh, vững chắc, toàn diện. Từ năm 1999 đến năm 2007, các mặt hoạt động cơ bản đều có tốc độ tăng trưởng hàng năm từ 20% - 25%. Sở giao dịch I đã trở thành đơn vị có quy mô hoạt động lớn, kinh doanh đa năng, chất lượng, có uy tín cao trong cộng đồng tài chính ngân hàng trong cả nước.
Từ ngày 01/07/2009, Sở giao dịch I NHCT Việt Nam đổi tên thành Chi nhánh Thành phố Hà Nội NHCT Việt Nam theo Quyết định 496/QĐ-HĐQT NHCT1 của Chủ tịch HĐQT NHTM Cổ phần Công thương Việt Nam. Sau khi đổi tên, hoạt động của Chi nhánh Thành phố Hà Nội liên tục được mở rộng và
phát triển. Đến nay, Chi nhánh Thành phố Hà Nội đang là chi nhánh lớn nhất, đầu tàu của toàn bộ hệ thống NHTM Cổ phần Công Thương Việt Nam về quy mô hoạt động.