Trong khi ướp muối, nguyên liệu thực hiện chuyển biến 2 quá trình độc lập đĩ là quá trình phịng thối dựa trên các hiện tượng lý hĩa và vi sinh và quá trình tự chín trên cơ sở sinh hĩa học.
Sự tự chín của cá mặn là quá trình phân giải các thành phần nguyên liệu mà trước hết là sự phân giải protid và lipid. Tốc độ phân giải của quá trình này phụ thuộc vào nồng độ nước muối, lượng muối ngấm vào tổ chức cơ thịt, vào nhiệt độ ướp cũng như thành phần hĩa học của nguyên liệu. Nguyên liệu ướp muối sau một thời gian bảo quản thì quá trình chín sẽ xảy ra, màu sắc, mùi vị của nguyên liệu tươi mất dần và sản sinh ra mùi vị thơm ngon đặc biệt, tổ chức cơ thịt mềm mại, màu đỏ sẫm và cĩ nhiều nước, quá trình tự chín của cá nhiều mỡ sẽ cho mùi vị thơm hơn cá ít mỡ.
Trong quá trình chín này protid trong cơ thịt sẽ được phân giải thành các sản vật trung gian như peptone, peptide, acid amin; các chất béo cĩ thể phân giải thành acid béo và glycerin.
Sau quá trình chín lượng đạm trong tổ chức thịt cá giảm xuống, lượng đạm phi protid và chất đạm ngấm ra tăng lên.(Trần Văn Chương, 2001)
Nhiệt độ bảo quản cĩ ảnh hưởng lớn đến quá trình chín. Nhiệt độ cao thì quá trình chín diễn ra nhanh nhưng mùi vị sản phẩm lại kém, cịn nhiệt độ thấp (khoảng 00C hoặc thấp hơn) quá trình chín xảy ra chậm nhưng cho sản phẩm tốt. Nhiệt độ ướp nên dưới 100C là thích hợp. Đối với cá mỡ nhiều quá trình chín sẽ cho mùi vị tốt nhưng nếu ướp với nhiệt độ cao thì chất béo dễ oxyhĩa cho mùi khét.
Về nguyên nhân của quá trình chín đây là quá trình lên men trong điều kiện cĩ muối. Bắt đầu quá trình ướp thì men ở trong nội tạng, và trong tổ chức thịt cá hoạt động rất mạnh, thủy phân các chất trong cơ thể nĩ, các chất trung gian và các chất hịa tan tăng lên dần tạo điều kiện tốt cho vi sinh vật hoạt động. Trong điều kiện mơi trường muối từ 12% trở lên thì các vi sinh vật gây thối rữa và các vi sinh vật gây bệnh đều bị ức chế. Vì vậy chỗ cịn cĩ vi sinh vật cĩ lợi phát triển sản sinh ra các men tương ứng phân giải protid và lipid và các chất khác tồn tại trong nguyên liệu, cũng như trong dung dịch nước muối làm cho quá trình chín được thúc đẩy. Trong điều kiện nồng độ muối thấp, nhiệt độ ướp muối cao thì các vi sinh vật cĩ hại sẽ phát triển và làm giảm phẩm chất của sản phẩm. Khi nồng độ muối trên 20% thì các quá trình sinh hĩa của các men nội tại và ngoại lai điều bị ức chế do đĩ chúng khơng cịn ảnh hưởng tới quá trình chín nữa. Qua thực nghiệm cho thấy quá trìnhướp muối trong điều kiện tự nhiên và yên tĩnh cho chất lượng sản phẩm thẩm ngon hơn ướp muối trong dung dịch tuần hồn lưu động và khi nồng độ muối cao thì lượng vi sinh vật hiếu khí trong dung dịch khơng thay đổi nhưng lượng vi sinh vật phân giải protid thì giảm xuống rõ rệt.
Hương vị thơm ngon của cá lên men khi chín là do tác dụng của các vi sinh vật tạo hương. Tuy nhiên ngày nay chúng ta chưa cĩ những nghiên cứu căn bản về chúng.
Vi sinh vật tham gia vào quá trình lên men cá là các vi sinh vật cĩ từ ngoài khơng khí, trên dụng cụ sản xuất, từ mơi trường đất, trong nước, trong cá như các vi khuẩn hiếu
khí sinh nha bào Bacillus subtilis, Vulgatus... đi vào dịch lên men sản sinh ra các loại men, men này đi vào tổ chức cơ thịt cá và tham gia vào quá trình chín của mắm(Nguyễn
Trọng Cẩn – Đỗ Minh Phung, 1990).