Cách đây gần một thế kỷ, khi các bệnh truyền nhiễm phát triển nhanh chóng, do đó năm 1911 một cơ sở điều trị dành cho những bệnh nhân bị mắc các bệnh truyền nhiễm ở Cống Vọng thuộc tỉnh Hà Đông lúc bấy giờ (nay là Hà Nội) đƣợc thành lập, và đƣợc gọi là Bệnh viện Lây Cống Vọng. Năm 1929 Bệnh viện đƣợc mở rộng thành một bệnh viện đa khoa mang tên Robin, vừa khám chữa bệnh cho ngƣời Việt Nam vừa là cơ sở thực hành của Trƣờng Y Dƣợc, Khoa Đông Dƣơng.
Đến năm 1930, khoa truyền nhiễm đƣợc thành lập và đến ngày 9-3- 1945 Bệnh viện chính thức mang tên là Bệnh viện Bạch Mai.
Ngày 11/11/1989, Viện y học lâm sàng các bệnh Nhiệt đới đƣợc thành lập theo quyết định số 706/BYT-QĐ của Bộ Y tế trên cơ sở xáp nhập 3 bộ phận: Khoa truyền nhiễm, Khoa vi sinh và Bộ môn Truyền nhiễm (Trƣờng đại học Y Hà Nội).
Năm 2004 Viện đƣợc phong tặng danh hiệu Anh hung lao động thời kỳ đổi mới do thành tích xuất sắc đạt đƣợc trong chống dịch SARS.
Ngày 30/03/2006, Thủ tƣớng chính phủ ban hành quyết định số 487/QĐ-TT thành lập Viện các Bệnh Truyền nhiễm và Nhiệt đới Quốc gia trực thuộc Bộ y tế.
Ngày 13/11/2009, Bộ trƣởng Bộ Y tế ký ban hành quyết định 4450/QĐ-BYT về việc đổi tên Viện các bệnh Truyền nhiễm và Nhiệt đới Quốc gia thành Bệnh viện Bệnh Nhiệt đới Trung ƣơng trực thuộc Bộ Y tế.
triển thành 2 cơ sở (tại 78 Giải Phóng, Hà Nội và tại Thôn Bầu xã Kim Chung, huyện Đông Anh, Hà Nội). Năm 2014 cơ sở Kim Chung bắt đầu đƣợc đƣa vào hoạt động. Ngày 26/06/2018, Bộ Y tế đã ra chính thức cấp phép hoạt động khám chữa bệnh đa khoa cho cơ sở Kim Chung.
Đến nay Bệnh viện có 630 nhân viên trong đó có: 1 giáo sƣ và 1 phó giáo sƣ, 30 tiến sĩ và CKII; 47 thạc sĩ và CKI; 46 bác sĩ, 27 dƣợc sĩ, 251 điều dƣỡng viên và 78 kỹ thuật viên, 149 cán bộ khác. Đƣợc chia ra 28 đơn vị, trong đó: 1 Viện, 1 Trung tâm, 10 khoa lâm sàng, 7 Khoa cận lâm sàng, 9 Phòng chức năng. Hoạt động chuyên môn của bênh viện tăng theo từng năm nhƣ số giƣờng hiện nay là 530 giƣờng, số ngƣời bệnh điều trị nội trú là hơn 18.710 ngƣời. Năm 2016 Bệnh viện đã đón nhận huân chƣơng lao động hạng nhất, Cờ thi đua của Chính Phủ.