Trong quy trình nhập khẩu ủy thác máy móc thiết bị từ thị trường Nga tuy đã khá hoàn thiện song không thể nào tránh được những hạn chế và tồn tại.
- Các hợp đồng nhập khẩu ủy thác từ thị trường Nga đều ký theo điều kiện CIF, do đó Công ty sẽ không phải thuê phương tiện vận tải cũng như mua bảo hiểm, vì đó là trách nhiệm của bên bán. Đây là một hạn chế của công ty, bởi vì nếu ký theo điều kiện này Công ty sẽ phải mua hàng với giá cao hơn, do đó giá chào hàng sẽ cao hơn, làm hạn chế khả năng được các doanh nghiệp khác chọn làm dịch vụ ủy thác, giảm khả năng cạnh tranh với các đối thủ.
- Các bước như làm thủ tục hải quan, nhận hàng và vận chuyển hàng từ cảng đến bên bán đều do Công ty đi thuê. Điều đó có nghĩa là Công ty sẽ phải mất thêm một khoản chi phí thuê ngoài cho các hoạt động này. Hơn nữa, vì không phải tự thực hiện nên bản thân Công ty sẽ mất đi tính chủ động trong việc giải quyết các vấn đề phát sinh vì phải thông qua bên thứ ba.
Về nghiệp vụ làm thủ tục hải quan, Công ty đi thuê sẽ phải mất một khoản phí đi thuê, với các hợp đồng lớn thì chi phí bỏ ra sẽ không đáng kể, nhưng với những hợp đồng nhỏ thì lại là một khoản chi phí khá lớn. Mặt khác, trong một số trường hợp, nếu có vấn đề phát sinh trong các bước này thì khi đó vẫn cần có người của Công ty đủ thẩm quyền để giải quyết.
Việc nhận hàng và kiểm tra hàng hóa tuy là giao cho bên thứ ba làm nhưng Công ty vẫn cần có người xuống theo dõi công việc. Như vậy, Công ty vẫn phải điều động nhân lực và vẫn mất chi phí cho hoạt động giám sát thực hiện. Khó khăn về kiểm tra hàng hóa, vì số lượng hàng hóa quá lớn hoặc khâu kiểm tra phức tạp do các chỉ tiêu kỹ thuật về máy móc hàng nhập. Một số trường hợp tiến độ bị chậm do bên bán giao hàng chậm, hàng hóa nhập về bị sai sót, không đảm bảo đúng như yêu cầu trong hợp đồng.
- Khó khăn trong việc mở L/C: đôi khi L/C bị sai sót về nội dung hoặc có một số nội dung cần phải chỉnh sửa lại làm tăng thêm chi phí chỉnh sửa và làm chậm, ảnh hưởng không tốt đến tiến độ hợp đồng. Đây là những chi phí hoàn toàn không đáng có và doanh nghiệp có thể loại trừ.
- Khó khăn trong làm thủ tục thanh toán: các hợp đồng ủy thác nhập khẩu từ thị trường Nga hầu hết đều ký với điều kiện thanh toán là L/C trả ngay không hủy ngang. Với điều kiện thanh toán này, nếu phía chủ đầu tư không giao tiền đúng thời hạn, thì Vinacomin phải tự dùng tiền của mình để thanh toán cho bên xuất khẩu. Việc này làm cho Vinacomin bị chiếm dụng một phần vốn hoặc sẽ phải đi vay ngoại tệ từ ngân hàng.
- Tỷ giá thay đổi cũng là một yếu tố bất lợi cho hoạt động nhập khẩu nói chung cũng như việc thực hiện quy trình nhập khẩu ủy thác tại Công ty nói riêng. Trên thực tế, Công ty thực hiện hợp đồng nội và hợp đồng ngoại bằng hai đồng tiền thanh toán USD và VND. Chính vì vậy khoản chênh lệch tỷ giá là một vấn đề cần phải tính toán kỹ, hậu quả của việc này có thể làm doanh nghiệp giảm đi lợi nhuận của mình, thậm chí là chuyển từ lãi sang lỗ.