− Công tác cấp giấy chứng nhận quyền sở hữu đất còn nhiều thiếu sót và còn chậm so với nhu cầu phát triển của thành phố mà đây là cơ sở quan trọng khi xem xét đền bù cho từng đối tượng sử dụng đất cụ thể
− Chưa có chính sách chiến lược về tái định cư, công tác ổn định đời sống cho cư dân tái định cư còn nhiều thiếu sót. Hạ tầng kỹ thuật chưa đồng bộ điều này là một trở ngại lớn đối với công tác GPMB vì khi các khu tái định cư chưa thể đáp ứng được các nhu cầu tối thiểu của người dân thì họ sẽ không chịu di dời
− Để xử lí ách tắc về giải phóng mặt bằng, thủ tướng cp đã ban hành văn bản số 1665/TTg cho phép tách giải phóng mặt bằng thành dự án thành phần giao cho địa phương tổ chức thực hiện. Tuy nhiên, đáng lo ngại là hầu hết các địa phương lại không có bộ máy chuyên trách về giải phóng mặt bằng nên việc triển khai rất lúng túng. Một số cán bộ làm công tác giải phóng mặt bằng ở địa phương thiếu phẩm chất thậm chí tiêu cực dẫn đến mất lòng tin của dân.
− Tâm lí phân biệt giữa công trình do địa phương quản lí và các công trình quốc gia đi qua địa bàn. Với các công trình của địa phương thì chính quyền những nơi này vào cuộc mạnh mẽ nhưng với các công trình quốc gia, quyền lợi không lớn nên nhiều cán bộ không thật sự tận tâm, tận lực.
− Một số bât cập khác nảy sinh trong thực tiễn là : quy định của bộ Tài Chính được trích 2% tổng chi phí đền bù giải phóng mặt bằng điều này hợp lí với các dự án có kinh phí giải phóng mặt bằng hàng trăm, hàng nghìn tỷ thì chi phí để thực hiện là rất lớn. Ngược lại với các dự án chỉ vài tỷ đồng thì số tiền để chi cho công tác tổ chức giải phóng mặt bằng thật sự không đáng kể. Trong khi đó, tất cả các thủ tục, quy trình vẫn phải đảm bảo, vẫn phải thành lập đầy đủ các ban đền bù giải phóng mặt bằng.
− Công tác tuyên truyền vận động người dân tham gia vào công tác đền bù giải phóng mặt bằng chưa được chú trọng do đó chưa khuyến khích được người dân tự giác thực hiện
− Do nhận thức về vai trò, trách nhiệm của một bộ phận cán bộ, tổ chức có lúc có nơi còn chưa thống nhất nên tạo ra sự trì trệ đùn đẩy trong xử lý công việc.
− Chính quyền địa phương và chủ đầu tư không làm khéo thận trọng và thấu đao mức bồi thường giải phóng mặt bằng và có giải pháp hỗ trợ nghề nghiệp cho tương lai của nông dân…thì khó có thể triển khai các dự án ở địa phương.