Tổ chức sáp nhập hoặc hợp nhất các HTX có quy mô nhỏ (thôn hoặc liên thôn) thành những hợp tác xã có quy mô lớn (xã, liên xã) nhằm giảm chi phí cho bộ máy điều hành hoạt động của HTX. Ngoài ra, với quy mô lớn, HTX sẽ có sức cạnh tranh lớn hơn, nguồn lực đầu tư, hỗ trợ của nhà nước ngày càng tập trung và đi vào chiều sâu.
Để việc tổ chức hợp nhất, sáp nhập những HTX có quy mô nhỏ thành những HTX có quy mô lớn, cần thực hiện những nội dung sau:
-Thành lập ban chỉ đạo hợp nhất/sáp nhập: Ban chỉ đạo có nhiệm vụ phân công từng thành viên thực phương án hợp nhất/sáp nhập.
- Điều tra, đánh giá thực trạng các hoạt động của các HTX dự kiến hợp nhất/sáp nhập. Quá trình điều tra, khảo sát đánh giá được cơ sở vật chất, các hoạt động dịch vụ, công tác quản lý của HTX và có bước nhìn tổng quan hơn về những HTX dự kiến hợp nhất/sáp nhập.
-Sau khi có những báo cáo, đánh giá hoạt động từng HTX, Ban chỉ đạo xây dựng phương án hợp nhất/ sáp nhập theo xác định lộ trình để thực hiện.
-Ban chỉ đạo tổ chức truyên truyền, vận động để thành viên các HTX hiểu mục đích, vai trò, đinh hướng phát triển HTX. Đây là một trong những khâu quan trọng để thực hiện phương án cũng cố lại các HTX. Nếu đa số thành viên HTX không thống nhất phương án hợp nhất/sáp nhập. Ban chỉ đạo tư vấn, hướng dẫn lập các phương án kinh doanh để củng cố lại hợp tác xã hoặc hướng dẫn lập các thủ tục cần thiết để chuyển HTX qua hình thức khác, giải thể theo đúng quy định.
-Nếu đa số thành viên thống nhất hợp nhất/sáp nhập, ban chỉ đạo hướng dẫn các hộ tự nguyện viết đơn tham gia vào HTX và Ban chỉ đạo tiến hành đại hội để bầu Hội đồng quản trị.
Tuy nhiên, trong quá trình tổ chức hợp nhất, sáp nhập, Ban chỉ đạo gặp những khó khăn, trở ngại sau:
-Phần lớn thành viên các HTX đang hoạt động khá không muốn các HTX hoạt động trung bình, yếu sáp nhập hoặc hợp nhất vào HTX của mình và phải mang thêm gánh nặng cho các HTX khác.
-Ban quản lý HTX sợ mất việc, mất vai trò điều hành đối với HTX mới vì khi sáp nhập/hợp nhất, bộ máy điều hành của các HTX giảm xuống, tổ chức bầu lại Hội đồng quản trị.
-Những chứng từ, sổ sách của từng HTX được kiểm tra và tổ chức thanh tra khi có những dấu hiệu sai trái.