Nhiều bệnh và ký sinh trùng quan trọng có thể lây truyền qua phân hoặc nước tiểu, trực tiếp hoặc gián tiếp, qua quần áo và thiết bị bị ô nhiễm. Các tác nhân gây bệnh có thể được phân thành bốn loại chính: vi khuẩn (ví dụ:
salmonella, viêm hồi tràng, kiết lỵ, E.coli); virus (ví dụ: PRRS, TGE, dịch tả
lợn, lở mồm long móng); động vật nguyên sinh (ví dụ: bệnh cầu trùng) và ký sinh trùng (ví dụ: giun trịn). Các bệnh do nấm, chẳng hạn như aspergillosis, ít có khả năng được thải ra trong phân, nhưng có thể có trong chất độn chuồng và chất độn chuồng bị ô nhiễm. Sử dụng mùn cưa / dăm bào có thể là mối đe dọa từ vi khuẩn. Để giảm nguy cơ lây lan bệnh qua phân hoặc nước tiểu, ngăn ngừa ô nhiễm thức ăn và nước cần phải:
Lập kế hoạch và lắp đặt hệ thống phân chuồng để ngăn ngừa ô nhiễm môi trường và tuân thủ các hoạt động nông nghiệp được chấp nhận.
Nếu lợn được ni ngồi trời, hãy duy trì máng nước, bát nước và máng ăn sạch sẽ.
Sử dụng xẻng và gầu xúc hoặc xúc lật riêng biệt để xử lý phân và thức ăn. Thường xuyên dọn phân ra khỏi chuồng, bãi và khu vực chứa phân để ngăn chặn ruồi và ký sinh trùng đường ruột hồn thành vịng đời.
Kiểm soát mật độ ruồi. Các phương pháp bao gồm ong ký sinh và thuốc diệt côn trùng (bả và thuốc xịt).
Thu gom phân nhanh chóng nên lợn khơng thể tiếp cận được, đặc biệt là lợn con. Phương pháp phổ biến nhất để thu gom phân là hố sâu dưới sàn. Ngăn chặn phân chảy tràn ra khu vực nuôi heo con hoặc ô nhiễm thức ăn cho heo con.
Nếu bùn thải ra ruộng hoặc đồng cỏ, thì nên nhốt lợn ngồi đất ít nhất ba tuần.
Bởi vì chi phí sản xuất và giá trị phân đã tăng lên, nhiều nhà sản xuất đang ký hợp đồng với những người xử lý và vận chuyển chuyên nghiệp. Tuy nhiên, việc thuê nhân công và thiết bị làm theo yêu cầu sẽ có nguy cơ lây nhiễm bệnh tật. Quy trình vệ sinh khơng phù hợp giữa các trang trại có thể có khả năng lây lan một số bệnh. Đảm bảo thiết bị quản lý phân được bảo dưỡng và làm sạch đúng cách, đặc biệt nếu được sử dụng tại một số trang trại. Rửa tất cả các bề mặt bên ngoài của thiết bị xử lý phân, kiểm tra xem chúng khơng cịn chất hữu cơ trước khi đưa đến trang trại. Người điều hành không nên vào các chuồng nuôi của trang trại và không được tiếp xúc gần với nhân viên nông trại trừ khi họ ở bên ngoài phạm vi trang trại cho đến khi qua đêm và tắm rửa. Ogejo và Maguire (2010) đã chuẩn bị một ấn phẩm rất hữu ích về quản lý chất dinh dưỡng cho các trang trại nhỏ.