Phương pháp chung để xác định cấu trúc hoá học của các hợp chất là sự kết hợp xác định giữa các thông số vật lý với các phương pháp phổ hiện đại bao gồm:
- Phổ khối lượng phân giải cao HR-ESI-MS
Phổ khối phân giải cao HR-ESI-MS được đo trên máy AGILENT 6530 Accurate Mass QTOF LC/MS của Viện Hóa sinh biển, Viện Hàn lâm KH và CN Việt Nam.
- Phổ cộng hưởng từ hạt nhân NMR
Phổ NMR đo trên máy: Bruker AM500 FT-NMR của Viện Hoá học, Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam. Chất nội chuẩn là TMS (Tetrametyl Silan).
Các kỹ thuật phổ cộng hưởng từ hạt nhân được sử dụng bao gồm:
+ Phổ cộng hưởng từ hạt nhân một chiều: 1H-NMR, 13C NMR và DEPT. + Phổ cộng hưởng từ hạt nhân hai chiều: HSQC, HMBC, COSY và NOESY.
+ Dung môi được sử dụng bao gồm các dung môi CD3OD, CDCl3 và DMSO_d6. Việc lựa chọn dung môi đo phụ thuộc vào bản chất của từng mẫu, trên nguyên tắc là dung môi phải hòa tan hoàn toàn mẫu đo và không che khuất các tín hiệu phân tích.
- Phổ lưỡng sắc tròn (CD)
Phổ CD được đo trên máy ChirascanTM CD spectrometer (Applied Photophysics Ltd., Surrey, UK) tại Viện Hóa sinh biển - Viện Hàn lâm KH và CN Việt Nam.
-Phương pháp tính toán lý thuyết phổ ECD
Tìm kiếm cấu dạng được thực hiện trên phần mềm Spartan 18 (Viện Hóa sinh biển). Mỗi phân tử được thực hiện theo phương pháp cơ học lượng tử MMFF (Merck molecular force field) và bán lượng tử PM3. Các cấu dạng nhận được có hệ số phân bố Boltzmann trên 1% sẽ được tối ưu hóa và tính toán phổ ECD theo hàm mật độ phụ thuộc thời gian (Time Dependent Density Functional Theory, TDDFT) trên phần mềm Gaussian 16 (Viện Hóa sinh biển) sử dụng các mức tính toán B3LYP/6- 31G(d,p), CAM-B3LYP/6-31G(d,p), hoặc wB97XD/6-31G(d,p). Ảnh hưởng của dung môi methanol được tính toán theo mô hình IEFPCM (Integral Eequation Formalism Polarizable Continuum Model). Các phổ ECD thu được của mỗi cấu dạng sẽ được tổng hợp lại dựa trên hệ số phân bố Boltzmann của chúng sử dụng mềm SpecDis v1.71 để nhận phổ ECD theo lý thuyết của mỗi hợp chất.
- Phương pháp tính toán khoảng cách giữa hai proton
Các cấu dạng được tìm kiếm trên phần mềm Spartan 18. Các cấu dạng nhận được có hệ số phân bố Boltzmann trên 1% sẽ được tối ưu hóa năng lượng và tính toán khoảng cách giữa các proton trên phần mềm Gaussian 16.
- Phương pháp tính toán lý thuyết 13C-NMR
Tìm kiếm cấu dạng được thực hiện trên phần mềm Spartan 18. Các cấu dạng nhận được có hệ số phân bố Boltzmann trên 1% sẽ được tối ưu hóa và tính toán NMR bằng phương pháp GIAO 13C NMR sử dụng phần mềm Gaussian 16 với mức tính toán wB97XD/6-31G(d). Các số liệu NMR thu được của mỗi cấu dạng sẽ được tổng hợp lại dựa trên hệ số phân bố Boltzmann của chúng để nhận được số liệu NMR tính toán cho mỗi hợp chất. Cuối cùng, dữ liệu NMR tính toán sẽ được so sánh với dữ liệu NMR thực nghiệm bằng mô hình tính toán STS (Sorted Training Sets) [50].
Độ quay cực được đo trên máy JASCO P-2000 Polarimeter của Viện Hóa sinh biển, Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam.