BVSC đầu tư kinh doanh cho chính Công ty bằng vốn của mình, vốn vay tín dụng và vì mục tiêu thu nhập. Hoạt động tự doanh là điều kiện song song bắt buộc phải có để Công có thể triển khai thực hiện hoạt động bảo lãnh phát hành, một hoạt động quan trọng liên quan trực tiếp đến việc huy động vốn của các doanh nghiệp trên TTCK mà hiện nay Công ty đang triển khai rất mạnh mẽ. Hoạt động tự doanh được hỗ trợ rất nhiều từ hoạt động tư vấn, bảo lãnh phát hành cũng như dịch vụ tư vấn tài chính của Công ty, những thông tin có được từ các hoạt động này là những yếu tố quan trọng giúp BVSC xây dựng được một danh mục tự doanh hợp lý, an toàn. Dựa vào những am hiểu sâu sắc về thị trường và sự lớn mạnh của các hoạt động tư vấn, BVSC đã và đang xây dựng cho mình một danh mục đầu tư tự doanh hợp lý và hiệu quả bao gồm các chứng khoán niêm yết, chưa niêm yết và trái phiếu, trên nguyên tắc đa dạng hoá danh mục đầu tư để phân tán rủi ro, đảm bảo cân bằng và tập trung vào các chứng khoán có tiềm năng tăng trưởng tốt, ổn định.
Trước những diễn biến thuận lợi của thị trường, cùng với chiến lược tự doanh linh hoạt, hoạt động tự doanh của BVSC trong năm 2005 đã gặt hái được những kết quả to lớn. Đặc biệt, sự phát triển sôi động của thị trường vốn là cơ hội tốt để BVSC nâng cao hiệu quả của hoạt động tự doanh thêm một bước cao hơn hẳn so với năm 2004. Lãi vốn từ hoạt động tự doanh cổ phiếu đạt trên 1,3 tỷ đồng, tăng 11% so với năm 2004; đối với trái phiếu BVSC đã thực hiện theo dõi, phân tích biến động thị trường lãi suất và áp dụng chiến lược mua bán hợp lý, tạo được lãi vốn từ hoạt động tự doanh trái phiếu trên 400 triệu đồng. Tổng thu nhập từ hoạt động tự doanh trong năm 2005 (bao gồm cả cổ tức và trái tức) của BVSC đạt xấp xỉ 5 tỷ đồng tỷ đồng, tăng 154% so với năm 2004.
Các năm tiếp theo, BVSC sẽ tiếp tục bám sát diễn biến thị trường để triển khai hoạt động tự doanh một cách linh hoạt và hiệu quả. Dựa trên nền tảng của hoạt động tư vấn cổ phần hoá, tư vấn phát hành và niêm yết/đăng ký giao dịch, BVSC sẽ đẩy mạnh hoạt động tự doanh đối với các chứng khoán chưa niêm yết và dự kiến sẽ tăng dần hạn mức đầu tư kinh doanh tự doanh để nâng cao hiệu quả hoạt động, phù hợp với sự phát triển của thị trường.