Công tác kiểm soát thanh toán chi vốn đầu tư XDCB từ NSNN qua KBNN Lai Vung, tỉnh Đồng Tháp được quan tâm chú ý nhất là trong thời kỳ đẩy mạnh cải cách đầu tư công, chi XDCB còn là vấn đề nóng mà Huyện ủy, UBND huyện quan tâm. Do vậy khi có hồ sơ công trình mang đến cán bộ kiểm soát chi đầu tư cần phải nhanh chóng đầu tư thời gian kiểm tra kỹ càng, so sánh, đối chiếu với hồ sơ pháp lý để đảm bảo khi thanh toán không sai quy định. Đảm bảo khi thanh toán phải đúng các điều khoản đã ký kết trong hợp đồng, đúng khối lượng đơn giá đã ký kết. Ngoài ra biên bản nghiệm thu phải phù hợp với khối lượng khi lên để thanh toán và không vượt tiến độ đã ký kết trong hợp đồng. Kiểm soát hồ sơ, chứng từ thanh toán đã đúng chữ ký, mẫu dấu trên chứng từ có đúng theo mẫu dấu chữ ký đăng ký với Kho bạc Nhà nước hay không …
Hơn nữa khi chủ đầu tư mang các mẫu biểu đến cũng phải phù hợp với quy định hiện hành tránh trường hợp khi đến bộ phận kế toán lại bị trả lại do biểu mẫu, mục lục ngân sách cũng như chưa nhập kế hoạch vốn vào chương trình Tabmis nên cán bộ kiểm soát chi đầu tư KBNN Lai Vung, tỉnh Đồng Tháp cần kiểm tra và dò thật kỹ trước khi phê duyệt và trình lãnh đạo. Hiện nay khi hợp đồng chủ đầu tư còn để tình trạng hợp đồng vượt tiến độ, ký phụ lục hợp đồng ngoài thời hạn hiệu lực của hợp đồng nguy hiểm hơn còn những công trình đã nghiệm thu mà chủ đầu tư mới ký phụ lục hợp đồng phát sinh dẫn đến sai nguyên tắc và không lôgích về mặt thời gian. Một số công trình nhỏ chưa tạm giữ 5% bảo hành xảy ra ở chủ đầu tư là Phòng Nông nghiệp và Phát triển nông thôn và Phòng Kinh tế - Hạ tầng. Công việc này đòi hỏi người kiểm soát phải có trình độ, am hiểu và có thời gian đầu tư để nghiên cứu hồ sơ, ngoài ra cần có phương pháp theo dõi từng công trình cho phù hợp. Các chủ đầu tư có
năng lực quản lý yếu cần phải đầu tư thời gian, công sức nhiều hơn để nghiên cứu hồ sơ.