Ở cấp thành phố, UBND Thành phố là cơ quan quản lý cú thẩm quyền cao nhất. Do thành phố Hà Nội cú rất nhiều cỏc dự ỏn sử dụng vốn đầu tư XDCB và vốn sự nghiệp cú tớnh chất đầu tư XD với quy mụ khỏc nhau, để san sẻ khối lượng cụng việc, tăng cường sự sõu sỏt và chuyờn mụn hoỏ trong quản lý vốn, UBND Thành phố đó cú quyết định phõn cụng, phõn cấp quản lý vốn đầu tư của thành phố cho cỏc Sở, Ban, Ngành, Quận, Huyện. Đối với những dự ỏn sử dụng vốn sự nghiệp cú tớnh chất đầu tư XD của cỏc Sở, Ban, Ngành, thuộc thành phố Hà Nội hiện nay.
- UBND Thành phố quyết định đầu tư một số dự ỏn cú số vốn lớn quan trọng. UBND Thành phố Uỷ quyền cho Sở Kế hoạch - Đầu tư quyết định cỏc dự ỏn đến nhúm C trờn cơ sở kế hoạch đầu tư đó được UBND Thành phố phờ duyệt. UBND thành phố phõn cấp cho chủ tịch UBND cỏc Quận, huyện quyết định đầu tư cỏc dự ỏn cú tổng mức vốn đến 5 tỷ đồng thuộc nguồn vốn ngõn sỏch Nhà nước trong cỏc lĩnh vực như đầu tư, đầu tư phỏt triển mầm non, Tiểu học, Trung học cơ sở….UBND thành phố uỷ quyền Giỏm đốc cỏc Sở: Giao thụng cụng chớnh, xõy dựng, cụng nghiệp, nụng nghiệp và phỏt triển
nụng thụn Quyết định đầu tư cỏc dự ỏn đến 5 tỷ đồng thuộc lĩnh vực trực tiếp quản lý trờn cơ sở Kế hoạch đó được UBND thành phố phờ duyệt. UBND thành phố uỷ quyền giỏm đốc sở Địa chớnh - Nhà đất quyết định đầu tư cỏc dự ỏn cú mức vốn đến 2 tỷ đồng thuộc lĩnh vực trực tiếp quản lý trờn cơ sở kế hoạch đó được UBND thành phố phờ duyệt
Sở Xõy dựng phờ duyệt thiết kế kĩ thuật và tổng dự ỏn của tất cả cỏc dự ỏn.
Vỡ phần lớn cỏc dự ỏn sửa chữa, cải tạo, mở rộng, nõng cấp của cỏc cơ quan, đơn vị HCSN đều cú quy mụ vốn nhỏ nờn đa số cỏc dự ỏn sử dụng vốn sự nghiệp cú tớnh chất đầu tư XD hiện này đều do Sở Kế hoạch - Đầu tư quyết định đầu tư. Cỏc dự ỏn do UBND Thành phố quyết định đầu tư chủ yếu là cỏc dự ỏn cú tổng mức đầu tư trờn một tỷ đồng vớ dụ: dự ỏn tu bổ tạo di tớch tượng vua Lờ của Sở Văn Hoỏ - Thụng tin cú tổng mức đầu tư 1,312 tỷ đồng, dự ỏn mở rộng trung tõm lao của Sở Y tế Hà Nội cú tổng mức đầu tư 3,474 tỷ đồng.
UBND Thành phố uỷ quyền cho Sở Kế hoạch - Đầu tư chủ trỡ, phối phợp với Sở Tài chớnh thống nhất danh mục, chủ trương và quy mụ đầu tư cỏc dự ỏn của cỏc Sở, Ban, Ngành theo phạm vi được uỷ quyền.
Sở tài chớnh phối hợp với Sở Kế hoạch - Đầu tư trong việc lập và thụng bỏo kế hoạch vốn. Sở tài chớnh phối hợp với KBNN quản lý cấp phỏt, thanh toỏn vốn sự nghiệp cú tớnh chất đầu tư XD cho cỏc cơ quan, đơn vị. Phũng Tài chinh Hành chớnh – Sự nghiệp là phũng chuyờn quản của Sở Tài chớnh, quản lý chi ngõn sỏch cho cỏc đơn vị HCSN của thành phố Hà Nội bao gồm 44 đơn vị dự toỏn cấp I và gần 200 đơn vị dự toỏn cấp II (Xem phụ lục 1) Phũng Quản lý ngõn sỏch quản lý tổng hợp chi ngõn sỏch của toàn thành phố.
Cơ quan Tài chớnh, Kho bạc Nhà nước phải thực hiện chế độ thụng tin bỏo cỏo lẫn nhau, và phải tổng hợp tỡnh hỡnh hiện đầu tư, tỡnh hỡnh thanh toỏn vốn gửi cơ quan cấp quản lý cấp trờn.
Cỏc Sở, Ban, Ngành chỉ đạo chủ đầu tư bỏo cỏo và tổng hợp bỏo cỏo về tỡnh hỡnh thực hiện kế hoạch đầu tư hàng thỏng. Hàng quý bỏo cỏo tổng hợp tỡnh hỡnh thực hiện của đơn vị mỡnh gửi Sở Kế hoạch - Đầu tư, Sở Tài chớnh vào ngày 15 của thỏng cuối quý theo đỳng quy định của UBND Thành phố.
Sở Kế hoạch - Đầu tư sẽ phối hợp với cỏc Sở, Ban, Ngành cú liờn quan theo chức năng thực hiện kiểm tra định kỡ hoặc đột xuất việc triển khai thực hiện kế hoạch đầu tư, giỏm định đầu tư, đấu thầu…bỏo cỏo UBND Thành phố theo quy định. Kết quả thực hiện kế hoạch đầu tư, chấp hành cỏc quy định của UBND thành phố về đầu tư sẽ được đưa vào tiờu chuẩn đỏnh giỏ thi đua hàng năm của Hội đồng thi đua Thành phố.
Đối với cỏc dự ỏn đầu tư bằng nguồn vốn sự nghiệp cú tớnh chất XD thuộc cỏc Sở, Ban, Ngành thành phố, cỏc phũng cấp phỏt, quản lý vốn sự nghiệp thuộc Sở Tài chớnh chủ trỡ thẩm tra trỡnh Giỏm đốc Sở Tài chớnh – Vật giỏ xột duyệt.
Cỏc dự ỏn nhúm C do Giỏm đốc Sở tài chớnh phờ duyệt.
Cỏc dự ỏn nhúm B do Giỏm đốc sở Tài chớnh trỡnh Chủ tịch UBND Thành phốphờ duyệt.
Trường hợp giỏ trị thẩm tra quyết toỏn phải giảm trừ nhiều so với giỏ trị đề nghị quyết toỏn của chủ đầu tư, cơ quan thẩm tra cú thể tổ chức họp với chủ đầu tư và cấp trờn của chủ đầu tư để thụng bỏo kết quả thẩm tra quyết toỏn và thống nhất cỏc khoản phải giảm trừ theo đỳng chế độ quy định trước khi trỡnh cấp cú thẩm quyền phờ duyệt quyết toỏn vốn đầu tư.
Thời gian thẩm tra, phờ duyệt quyết toỏn: khụng quỏ 30 ngày tớnh từ ngày nhận đủ hồ sơ. Trong đú, thời gian cỏn bộ thẩm tra là 25 ngày, thời gian lónh đạo xem xột phờ duyệt là 5 ngày. Thời gian tối đa quy định trong Thụng tư 70/2000/TT – BTC là khụng quỏ 30 ngày đối với cụng tỏc thẩm tra và 15 ngày đối với cụng tỏc phờ duyệt (Thụng tư số 45/2003/TT-BTC quy định thời gian thẩm tra, phờ duyệt quyết toỏn vốn đầu tư khụng quỏ 04 thỏng tớnh từ ngày cơ quan chủ trỡ kiểm tra, thẩm tra nhận đủ hồ sơ trỡnh duyệt quyết toỏn vốn đầu tư theo quy định). Thời gian quy định cho cụng tỏc thẩm tra xột duyệt quyết toỏn của thành phố ngắn hơn thời gian quy định trong Thụng tư phản ỏnh khối lượng cụng việc lớn đồng thời cũng phản ỏnh yờu cầu về tiến độ của thành phố Hà Nội.