* Thông tin về di sản văn hóa dưới nước đều do nhân dân phát hiện => hiện trạng di tích khảo cổ học dưới nước đã bị xâm hại và khai quật khảo cổ học dưới nước chỉ còn mang tính chữa cháy:
Quá trình phát hiện thông tin, khai quật các con tàu đắm ở nước ta thời gian qua hầu như diễn ra theo một trình tự ngư dân phát hiện đồ cổ, khai thác hiện vật mang bán trái phép, tin đồn đến tai chính quyền, các phương tiện thông tin đại chúng nắm được tin liền tung ra. Chính quyền địa phương tổ chức ngăn chặn, bắt giữ tang vật đồng thời liên hệ với một số doanh nghiệp nhà nước tiến hành trục vớt hoặc khảo sát. Một thời gian sau các cơ quan chức năng của nhà nước mới cơ hội vào cuộc => cổ vật bị mất, hiện trường bị xáo trộn, gây khó khăn trong việc xác định nghiên cứu cấu trúc, xuất xứ, nguồn gốc cũng như quản lý các tàu cổ đã chìm.
Ngành khảo cổ học nước ta chưa thực sự chủ động vào cuộc, chưa cung cấp được tài liệu trực tiếp liên quan đến những con tàu đắm trong vùng biển nước ta. Việc tổ chức khai quật cũng chỉ nhằm thực hiện chữa cháy những địa chỉ đã được phát hiện, khai thác.
Do đó, tình trạng di tích thường xuyên bị xâm hại, nhiều di vật, cổ vật bị mất => Thông tin về di sản văn hóa dưới nước không còn đầy đủ, chưa thể đóng góp nhiều bằng chứng trong việc phục dựng lại lịch sử nói chung và lịch sử của di sản văn hóa dưới nước nói riêng.
* Đa phần nghiên cứu khảo cổ học dưới nước còn chú trọng trục vớt hiện vật mà bỏ qua các quy trình khác của khảo cổ học dưới nước:
Quy trình khai quật khảo cổ học dưới nước không chỉ xem công đoạn khai quật đưa cổ vật lên bờ như toàn bộ vấn đề, khai quật khảo cổ học chiếm vị trí rất quan trọng, nhưng nó vẫn là một khâu trong toàn bộ quy trình khảo cổ học dưới nước. Quy trình này không chỉ có khai quật, mà còn bao gồm cả công tác khảo sát, nghiên cứu di sản văn hóa dưới nước, bảo tồn và phát huy cổ vật, phân loại và thông tin tuyên truyền về phát hiện khảo cổ học.
Ở Hàn Quốc, việc nghiên cứu di sản văn hóa dưới nước thể hiện đầy đủ quy trình khảo cổ học dưới nước và mang tính khoa học cao: cuộc khai quật tàu đắm ngoài khơi biển Incheon là một cuộc khai quật có quy mô rất lớn, đã huy động rất nhiều trang thiết bị hiện đại, đội ngũ chuyên gia lành nghề và được rất nhiều các phương tiện thông tin đại chúng đề cập song cách làm việc của họ lại rất tỉ mỉ, cẩn thận. Họ trực tiếp lặn xuống di chỉ nhiều lần nhưng nhưng chỉ quan sát, đo, vẽ, chụp ảnh từng chi tiết một, công việc này chiếm phần lớn thời gian khai quật ở đây. Họ không vội đưa hiện vật lên bởi đó là khâu cuối cùng của khai quật. Nếu chú trọng đưa hiện vật lên thì sẽ bỏ qua nhiều thông tin khoa học của con tàu vì khi lấy hiện vật thì địa tầng sẽ bị xáo trộn, các vị trí của hiện vật trong và xung quanh tàu sẽ bị thay đổi do song của máy thổi gây nên. Điều quan trọng nhất là phải lấy hết các thông tin quan trọng trước, sau đó mới lấy hiện vật.
Do có phương pháp và mục đích khai quật khoa học như vậy nên họ đã thu được nhiều thành quả khoa học, đặc biệt là họ đã phục dựng lại được tất cả các con tàu họ đã khai quật về cả hình dáng, kích thước, kỹ thuật lẫn hải trình và đầy đủ hang hóa chuyên chở để trưng bày, giới thiệu; và quan trọng hơn từ đó họ phục dựng được lịch sử hành trình trên biển của các con tàu cũng như con đường thương mại cổ của Hàn Quốc mà ta thường gọi là con đường tơ lụa trên biển [4]54.
Liên hệ lại 6 cuộc khai quật về tàu đắm của Việt Nam thì đa phần khảo cổ học dưới nước ở ta chỉ chú trọng trục vớt hiện vật mà bỏ quên nhiều thông tin
khoa học khác; duy chỉ cuộc khai quật tàu cổ Cù Lao Chàm là ngoài 240.000 cổ vật chúng ta đã lấy được một số thông tin khác như vài mảnh gỗ thân tàu, di cốt người…Đặc biệt là các xác tàu thì chúng ta chưa đưa về được cái nào; đáng tiếc hơn cuộc khai quật tàu cổ Bình Châu vừa rồi tại Quảng Ngãi, cả xác tàu đắm hầu như còn nguyên vẹn và đã xuất lộ rõ ràng mà Ban khai quật lại không đưa lên dù đây là khâu dễ nhất và ít tốn kém nhất của cuộc khai quật.
* Khai quật tàu đắm vẫn mang đậm tính thương mại; hiện vật bị phân chia, xé nhỏ:
Mọi công trình khai quật từ trước tới nay ở nước ta chủ yếu mang tính thương mại, trừ trường hợp ở Châu Thuận Biển. Trong 6 cuộc khai quật tàu cổ trên, chỉ có duy nhất cuộc khai quật tàu cổ Cà Mau hoàn toàn là do các chuyên gia và kỹ thuật viên Việt Nam thực hiện với kinh phí do Nhà nước cấp khoảng 13 tỷ đồng. Đây là cuộc khai quật duy nhất mà Việt Nam có quyền xử lý và định đoạt số phận của toàn bộ hiện vật. Các cuộc khai quật còn lại, phía khảo cổ học Việt Nam được phân chia hiện vật rất ít, vì hầu hết kinh phí khai quật đều do đối tác bỏ vốn đầu tư:
- Tàu đắm Hòn Cau: sự phân chia hiện vật còn mang tính tự do, bảo tàng nào thích chọn như thế nào tùy ý và cổ vật hầu như được đưa đi bán tại Amsterdam (Hà Lan) và thu về 11.550,200 Guilders (tiền Hà Lan) tương đương với 6,7 triệu Dollars Mỹ [2]55 => Đặt nặng lợi ích kinh tế, thiếu thông tin về giá trị văn hóa, lịch sử của các di sản.
- Tàu đắm cổ Cù Lao Chàm: cuộc khai quật tàu cổ Cù Lao Chàm (thu được tới 240.000 hiện vật là đồ gốm sứ Chu Đậu thế kỷ XV) ngoài 789 hiện vật độc bản, Việt Nam chỉ được nhận thêm 72.000 hiện vật (30% số hiện vật thu được). 168.000 hiện vật còn lại thuộc sở hữu của đối tác [5]56. Như vậy, hiện vật trong tàu đắm Cù Lao Chàm về tay cơ quan nghiên cứu chỉ chiếm 30% trong tổng
55 Nguyễn Quốc Hùng (1992), Khai quật kho tàng cổ dưới đáy biển Hòn Cau (Bà Rịa – Vũng Tàu), Tạp chí nghiên cứu lịch sử số 83/1992, tr. 62 – 73.
56 https://khanhhoathuynga.wordpress.com/category/s%C6%B0u-t%E1%BA%A7m-g%E1%BB%91m-s
%E1%BB%A9-trung-hoa-ki%E1%BA%BFn-th%E1%BB%A9c/tai-li%E1%BB%87u-g%E1%BB%91m-s %E1%BB%A9-c%E1%BB%95-t%E1%BB%AB-cac-tau-buon-d%E1%BA%AFm/page/3/
hiện vật, có nghĩa là chỉ có khoảng 30% bức tranh lịch sử, văn hóa được phục dựng về con tàu đắm này.
Phần việc khảo cổ được sự đầu tư từ các công ty ở trong hoặc ngoài nước. "Sản phẩm" thu được chia theo tỷ lệ các bộ sưu tập hiện vật bị xé lẻ, một phần được đem bán để bù chi phí khai quật, số còn lại được chia cho một số bảo tàng. Ngay cả với tàu cổ Châu Thuận Biển, dẫu di sản không bị đem bán đấu giá thì sưu tập trong con tàu này cũng bị phân chia. Đây là điều gây bất cập cho công tác lưu trữ và nghiên cứu sau này.
* Công tác xây dựng, công bố báo cáo khoa học về khảo cổ học dưới nước ở Việt Nam còn hạn chế:
Đối với các phát hiện, khai quật khảo cổ học dưới nước trong thời gian qua cũng cho thấy thực tế việc tổ chức xây dựng báo cáo kết quả của các cuộc khai quật còn nhiều hạn chế, nhất là những phát hiện hiện vật phân tán, tài liệu khoa học phụ trợ thiếu rất nhiều.
Các nhà khảo cổ học Việt Nam hầu như không có cơ hội tiếp xúc với những tài liệu liên quan đang được lưu trữ ở nước ngoài và không có sự phối hợp trao đổi tài liệu về khảo cổ học dưới nước giữa các nhà khảo cổ học trong nước và quốc tế. Vì vậy, một số giả thuyết, kiến giải khoa học chưa thực sự thuyết phục.
* Công tác bảo tồn di sản văn hóa dưới nước còn hạn chế, di sản không thể được bảo vệ tốt để phục vụ cho công tác nghiên cứu và phát huy giá trị di sản sau này:
Khai quật khảo cổ học dưới nước là một công việc tốn kém rất nhiều so với các cuộc khai quật trên đất liền. Dù được nhiều hiện vật có giá trị kinh tế cao hay vật ít giá trị kinh tế chi phí cũng như nhau. Công tác bảo vệ các địa điểm khảo cổ học dưới nước cũng đòi hỏi không ít kinh phí.
Ở Việt Nam, do không có điều kiện và kinh phí nên đa phần các cuộc khai quật khảo cổ học dưới nước chỉ mang một phần hiện vật lên và đem về các bảo tàng bảo quản, còn phần lớn (kể cả xác tàu) đều phải bỏ lại hoặc đem bán
đấu giá cho nước ngoài. Do đó, nguồn sử liệu vật chất nghiên cứu bị gián đoạn, chấm dứt kể từ lúc khai quật di tích dưới nước bởi không có công tác bảo tồn di sản toàn diện và khoa học.