Các văn bản hướng dẫn thi hành LĐĐ ban hành còn chậm, thiếu đồng bộ, thống nhất; thay đổi, điều chỉnh, bổ sung nhiều lần tạo ra không ít khó khăn trong quá trình tổ chức thực hiện nhiệm vụ.
Việc giải quyết hồ sơ còn để tồn đọng và trễ hạn nhiều chưa có giải pháp khắc phục hiệu quả.
Việc giải quyết khiếu nại, tố cáo, tranh chấp đất đai đã được chú ý giải quyết hơn trước nhưng một số trường hợp còn chậm, số lượng vụ việc giải quyết bằng quyết định hành chính còn thấp, chủ yếu xử lý bằng hình thức công văn.
Việc xác nhận của UBND các phường vào hồ sơ xin cấp giấy chứng nhận có lúc chưa đáp ứng được các tiêu chí theo quy định của pháp; một số hồ sơ có nguồn gốc đất dư ngoài diện tích được hoá giá, đất liên quan đến lâm nghiệp, đất lấn biển hoặc có nguồn gốc phức tạp… cần phải có thời gian để phối hợp với các cơ quan có chức năng liên quan để giải quyết.
Tình trạng vi phạm trong quản lý xây dựng, đất đai còn khá nhiều, một số phường chưa tập trung thực hiện công tác kiểm tra, phát hiện, ngăn chặn và xử lý vi phạm ngay từ đầu theo phân cấp, và thẩm quyền pháp luật quy định, gây ra nhiều khó khăn trong phòng ngừa, xử lý vi phạm và khắc phục hậu quả.
Việc thực hiện hậu kiểm sau khi thực hiện QH, KHSDĐ, giao đất, cho thuê đất cho các dự án chưa thường xuyên nên chậm phát hiện những tổ chức, đơn vị sử dụng đất vi phạm QH, kém hiệu quả, sai mục đích để xử lý. Mạng lưới các điểm tọa độ địa chính trên thực tế bị mất rất nhiều nên công tác đo đạc mất nhiều thời gian, độ chính xác không cao do phải dẫn đường chuyền xa.