Phân tích kết quả thu nhận được, chúng tôi phát hiện được các integron ở cả bốn serovar nhưng chủ yếu là nhóm 1 (IntI1). Integron là phương tiện và con đường để chuyển gen giữa các vi khuẩn. Integron gồm có ba phần là: (1) gen mã hoá enzyme tái tổ hợp tyrosine (integrase, được mã hoá bởi gen intI), cần thiết cho sự tích hợp đặc hiệu trong integron. (2) vị trí tích hợp nằm sát intI, attI, vùng này được nhận diện bởi integrase. Và (3) promoter (Pc), nằm ở cuối int, cần thiết cho phiên mã và biểu hiện các gen trong cassette (Xu và ctv, 2011). Integron còn có khả năng mang, bắt giữ và chuyển đổi các gen cassette (Jacquier và ctv, 2009) và là nơi thể hiện tính năng của gen cassette. Một integron có thể mang 10 gen cassette, đặc biệt có integron chứa 100 gen cassette gọi là siêu integron. Gen cassette cũng là một yếu tố di truyền có khả năng di chuyển, gắn vào hay rời ra khỏi integron, tính năng của gen cassette thường là mã hóa sự kháng kháng sinh, tính năng này chỉ được thể hiện khi gen cassette gắn vào integron, khi nó ở trạng thái tự do thì không có tính năng này. Các gen cassette đóng vai trò quan trọng, là cơ sở chính làm lan truyền tính kháng kháng sinh hiện nay (Guerin và ctv, 2009), xác định sự hiện diện của integron và gen cassette ở các serovar Salmonella là cần thiết để chúng ta quan tâm hơn nữa về dùng kháng sinh trong chănnuôi và điều trị.
Các integron nhóm 1 được xác định trên contigs vị trí 17 đối với SA12/19 3497; contigs vị trí 20, 39, 40 đối với SA12/19 1600; contigs vị trí 19, 37, 38 đối với SA07/20 1066 và 1067. Các vùng integron trên mỗi contigs được chú giải tại phụ lục B11, B12 , B13 . Trong đó, tại vị trí integron trên contig 17, 19, 20 chứa các gen tet, aadA, sul1 có vai trò kháng kháng sinh nhóm tetracyline, aminoglycoside và sulfonamide. Integron trên contigs 37 và 39 chỉ mang hai gen lnuF/lnuG và aadA mã hóa nucleotidyltransferase kháng kháng sinh nhóm lincosamide và aminoglycoside. Kháng sinh thuộc nhóm lincosamid có phổ kháng khuẩn tương tự như kháng sinh nhóm macrolid. Có tác dụng trên S. aureus, nhưng không có hiệu quả trên S. aureus kháng methicilin và ít có tác dụng trên trực khuẩn, gram âm, hiếu khí. Điều này cho thấy có khả năng việc lựa chọn cũng như phối hợp kháng sinh chưa thật sự hiệu quả
trong chăn nuôi và nuôi trồng thủy sản. Vì vậy, có thể nhận định các serovar SA12/19 1600, SA07/20 1066 và SA07/20 1067 thu nhận gen lnuF/lnuG kháng lincosamid từ các loài khác là rất lớn. Integron trên contigs 38 và 40 mang gen dhfr mã hóa dihydrofolate reductase kháng TMP, gen cmlA kháng C, gen arr mã hóa ADP ribosyl transferase kháng RA. Kháng sinh RA được xem là thế hệ mới thuộc nhóm macrolide, kháng sinh phổ kháng rộng, chuyên dùng trong thủy sản chủ yếu là tôm và cá, có tác dụng đối với cả hai vi khuẩn Gram âm và dương. Bên cạnh đó, serovar SA12/19 1600 được phân lập từ mẫu cá nên việc thu nhận các gen kháng ngoại lai từ môi trường nuôi trồng thủy sản là điều rất đáng quan tâm. Kết quả phân tích và xác định cấu trúc integron 1 của bốn serovar cho thấy chúng mang đồng thời nhiều gen kháng kháng sinh, điều này hoàn toàn phù hợp với kiểu hình đa kháng đã được xác định. Bên cạnh đó, chúng tôi còn ghi nhận tính đa kháng của bốn serovar có liên quan đến yếu tố di truyền chuyển vị là Tn21 mã hóa Urf2 hiện nay chưa có công trình nghiên cứu nào cho biết hay mô tả chi tiết chức năng hoạt động của chúng.