Thông thường, các nhà đầu tư nước ngoài và đôi khi cả bên Việt Nam chỉ quan tâm nhiều đến hiệu quả tài chính của dự án, bởi vì đứng về lợi ích riêng của nhà đầu tư thì hiệu quả cao nhất là lợi nhuận thu được. Trong khi đó, nhà nước khuyến khích nhiều hay ít một dự án đầu tư trực tiếp nước ngoài không chỉ căn cứ vào hiệu quả tài chính mặc dù đó là một nhân tố làm tăng nguồn thu của ngân sách nhà nước, đóng góp vào sự phát triển của nền kinh tế. Đối với một dự án đầu tư trực tiếp nước ngoài, hiệu quả kinh tế xã hội phải được lấy làm tiêu chuẩn cơ bản để xác định phương hướng lựa chọn các dự án. Do đó, khi thẩm định xem xét một dự án đầu tư trực tiếp nước ngoài cần phải đặt hiệu quả kinh tế xã hội lên trên và coi đó là phương hướng cơ bản của những biện pháp khuyến khích đầu tư. Xuất phát từ tinh thần đó, việc cải cách công tác thẩm định dự án đầu tư trực tiếp nước ngoài hiện nay cần phải theo hướng: các cơ quan thẩm định không nên can thiệp quá sâu vào những tính toán kinh doanh của các chủ đầu tư đặc biệt là đôí với hình thức doanh nghiệp 100% vốn nước ngoài mà cần trở lại đúng chức năng của mình là đảm bảo lợi ích nhà nước trong
khuôn khổ pháp luật.Trong luận chứng kinh tế-kỹ thuật cần chú ý nhiều
hơn đến phần giải trình các lợi ích kinh tế xã hội của dự án khi triển khai đem lại cho toàn bộ nên kinh tế. Các chỉ tiêu tài chính (NPV,IRR…) là việc của các chủ đầu tư. Cơ quan thẩm định không nên coi đó là điều kiện tiên quyết để cho phép đầu tư hay không.
Tuy nhiên, nói như vậy không có nghĩa là thẩm định mặt tài chính của dự án bị xem nhẹ. Riêng đối với hình thức đầu tư theo hợp đồng BOT, việc thẩm định các tính toán tài chính cần được xem xét hết sức tỉ mỉ vì theo hình thức này, sau giai đoạn đặc quyền, dự án sẽ được chuyển giao lại cho Chính phủ Việt Nam, nghĩa là chúng ta phải hoàn toàn gánh chịu những hậu quả về mặt tài chính mà một dự án BOT nếu không được thẩm định kỹ mang lại.
Cần có sự phối hợp chặt chẽ giữa cơ quan thẩm định và bên Việt Nam khi thực hiện các dự án liên doanh. Điều này sẽ giúp chúng ta tiết kiệm được thời gian và chi phí. Chẳng hạn khi bên Việt Nam tìm hiểu về đối tác đầu tư sẽ phối hợp với cơ quan thẩm định để điều tra. Hoặc khi thực hiện nghiên cứu khả thi, nhiều công đoạn có thể phối hợp để kiểm tra ngay khi nghiên cứu, chứng minh tính đúng đắn của việc nghiên cứu đó để đến khi thẩm định không phải thực hiện các bước này.
Một điều đáng nói nữa là hiện nay trong phần lớn các liên doanh, phía Việt Nam thường chỉ góp vốn bằng quyền sử dụng đất, đối tác nước ngoài góp vốn bằng vật tư trang thiết bị và một phần tiền mặt. Lợi dụng những bất cập của các nhà kinh doanh Việt Nam nên phía nước ngoài đã đưa vào nhiều liên doanh những thiết bị cũ không đồng bộ hoặc khai khống giá cao hơn thực tế. Thiệt hại của chúng ta về mặt này hết sức to lớn. Do đó, để hạn chế bớt những hậu quả đáng tiếc xảy ra, Bộ Kế hoạch và Đầu tư không những chỉ thẩm định trên hồ sơ giấy tờ để cấp giấy phép đầu tư mà còn nên bắt buộc kiểm tra tiến độ và sự góp vốn của các bên liên doanh để có cơ sở pháp lý khẳng định giá trị góp vốn, giúp cho phía Việt Nam không phải gánh chịu những hậu quả xấu xảy ra.