Khâu có ý nghĩa quan trọng trong quá trình thẩm định dự án là thực hiện các công việc thẩm định. Để thực hiện tôt khâu này cần phải có một quy trình thực hiện thẩm định hợp lý, khoa học. Do nhiệm vụ tổng quát
của công tác thẩm định dự án là: Thứ nhất: phân tích đánh giá tính khả thi
của dự án về các mặt. Thứ hai: đề xuất kiến nghị với nhà nước liệu chấp
nhận hay không chấp nhận dự án. Tức công việc thứ nhất chủ yếu là xem xét đánh giá chuyên môn, công việc thứ hai là lựa chọn phương án và điều kiện phù hợp nên để công tác thẩm định được cặn kẽ và chính xác, việc tổ chức thẩm định dự án nên chia các thành viên tham gia thẩm định thành hai khối:
+ Khối chuyên môn: gồm các cơ quan chuyên môn hoặc chuyên gia có trình độ chuyên môn cao liên quan đến nội dung dự án.
+ Khối quản lý: gồm các cơ quan hoặc chuyên gia về quản lý (ngành, lãnh thổ) có hiểu biết chung về chuyên môn nhưng có thể không sâu về chuyên ngành.
Đối với khối tư vấn về chuyên môn, có thể có các cách sử dụng tư vấn sau:
. Thành lập nhóm chuyên gia: bao gồm các chuyên gia làm việc tại các Bộ, sở quản lý chuyên ngành, có thể có thêm vài chuyên gia độc lập từ các viện nghiên cứu, trường đại học bên ngoài. Trong những trường hợp cần thiết, nhóm chuyên gia này có thể chia thành các tiểu ban chuyên môn để thực hiện đánh giá theo từng nôị dung chuyên môn. Ví dụ: tiểu ban công nghệ, tiều ban xây dựng, tiểu ban kinh tế…
. Các tư vấn độc lập trong và ngoài nước: đó là các tổ chức hoặc cá nhân có trình độ chuyên môn cao trong các lĩnh vực có liên quan. Các tổ chức tư vấn hoặc chuyên gia này làm nhiệm vụ phản biện toàn bộ hoặc từng phần dự án theo chuyên đề.
Tuỳ thuộc nội dung, tính chất dự án cụ thể, Bộ Kế hoạch và Đầu tư có thể trình người có thẩm quyền quyết định thành lập Nhóm chuyên gia hoặc chọn tư vấn phản biện để tiến hành thẩm định các dự án. Cách thức sử dụng tư vấn chuyên môn thẩm định đối với từng dự án có thể áp dụng các cách linh hoạt: có thể đầy đủ các hình thức tổ chức nói trên (có cả nhóm chuyên gia, có cả các tư vấn độc lập), có thể sử dụng một hay một vài hình thức nêu trên (chỉ gồm nhóm chuyên gia hay một vài tiểu ban chuyên môn, thậm chí có thể chỉ yêu cầu một vài chuyên gia phản biện). Trên cơ sở ý kiến của các tư vấn chuyên môn nói trên, cơ quan thẩm định sẽ xem xét quyết định để có ý kiến trình người có thẩm quyền quyết định đầu tư.
Mặt khác, Bộ Kế hoạch và Đầu tư_ với tư cách là cơ quan thẩm định _ cần phối hợp với các Bộ chuyên ngành, Hiệp hội tư vấn để hình thành mạng lưới đội ngũ chuyên gia và tổ chức tư vấn tương đối ổn định, có mối quan hệ thường xuyên để huy động nhanh, đáp ứng kịp thời yêu cầu của công tác thẩm định. Nhóm chuyên gia liên ngành, các tiểu ban chuyên môn và tư vấn độc lập cũng cần sử dụng thông tin, trao đổi, phối hợp với nhau trong quá trình thẩm định đánh giá dự án theo nhiệm vụ được giao.
Việc thực hiện tốt một quy trình thẩm định hợp lý một mặt sẽ đảm bảo các yêu cầu quản lý nhà nước, quản lý ngành và phối hợp được giữa các ngành, các địa phương trong việc đánh giá thẩm định dự án, đồng thời đảm bảo tính khách quan, cho phép phân tích sâu sắc, có căn cứ khoa học và thực tế các vấn đề chuyên môn, giúp Bộ Kế hoạch và Đầu tư hoàn thành tốt hơn nhiệm vụ thẩm định của mình.