2015: theo qui định tại Thông tư số 16/2015/TTLT-BKHCN-BTC thì:
+ Đối với Tổ chức chủ trì là cơ quan nhà nước, đơn vị sự nghiệp công lập...: xử lý theo hình thức điều chuyển.
+ Đối với Tổ chức chủ trì là đơn vị ngoài nhà nước như doanh nghiệp, hợp tác xã…: tài sản sẽ phải xử lý theo hình thức thanh lý, bán đấu giá hoặc bán trực tiếp cho tổ chức chủ trì.
Hình thức xử lý này có bất cập như sau: nếu Tổ chức chủ trì không có khả năng mua lại tài sản, khi tài sản được bán hoặc điều chuyển cho đơn vị khác thì mô hình sẽ bị phá vỡ, dẫn đến dự án không được duy trì và nhân rộng, mục tiêu của dự án cũng như Chương trình không đạt được như đã đề ra.
Quy định về xử lý tài sản Giai đoạn 2016-2025:
theo quy định tại Nghị định số 70/2018/NĐ-CP: tài sản phải xử lý theo hình thức thanh lý, bán đấu giá hoặc bán trực tiếp cho tổ chức chủ trì bao gồm cả đối tượng chủ trì là cơ quan nhà nước, đơn vị sự nghiệp công lập...và các đối tượng ngoài nhà nước. Ngoài ra còn quy định Nhà nước giao không bồi hoàn đối với «Chương trình KKH&CN khác theo quyết định phê duyệt của Thủ tướng Chính phủ có quy định về việc nhà nước chuyển giao không bồi hoàn tài sản trang bị»
- Tại Quyết định phê duyệt Chương trình NTMN số 1747/QĐ-TTg ghi rõ «Xây dựng cơ chế về hỗ trợ kinh phí; về ưu tiên, ưu đãi trong thực hiện các nhiệm vụ tại vùng đặc biệt khó khăn, vùng dân tộc thiểu số;
về chuyển giao tài sản không bồi hoàn khi kết thúc nhiệm vụ thuộc Chương trình»
Đến nay cơ chế chuyển giao không bồi hoàn chưa được ban hành
Về cơ chế duy trì, nhân rộng: hầu hết các địa phương chưa có cơ chế duy trì nhân rộng địa phương chưa có cơ chế duy trì nhân rộng kết quả của dự án; nếu có thì cũng không đồng bộ
Về công nợ: các dự án phải hoàn trả kinh phí nhưng không trả thì Kho bạc NN trừ vào dự nhưng không trả thì Kho bạc NN trừ vào dự toán của Văn phòng NTMN làm ảnh hưởng đến các dự án khác
Về quy trình phê duyệt nội dung, kinh phí đối với dự án Ủy quyền ĐP: