Vấn đề an toàn thông tin luôn được đặt ra khi xây dựng và triển khai một hệ thống thông tin. VPĐT cũng không năm ngoài điều đó. VPĐT được xây dựng nhằm giúp việc tổ chức, điều hành và quản lý công việc diễn ra một cách nhanh chóng, chính xác và thuận tiện.
Nền tảng của điều này là thiết kế một hệ thống, mô hình hỗ trợ việc lưu trữ trao đổi thông tin dễ dàng qua môi trường truyền tin và mạng. Mặc dù môi trường này giúp hoạt động trong các VPĐT diễn ra nhanh chóng nhưng cũng
hay bị tin tặc dựa vào để tấn công hệ thống gây hậu quả khôn lường. Từ đó cần thiết kế và xây dựng những giải pháp nhằm đảm bảo an toàn thông tin trong VPĐT trên môi trường mạng. Từ mô hình và các chức năng của VPĐT nhận thấy những yêu cầu cần bảo mật như sau:
Trong VPĐT với chức năng quản lý hồ sơ, văn bản và quản lý tài liệu, các văn bản này được lưu trữ trong cơ sở dữ liệu của công ty, cơ quan, tạo thư viện chia sẻ tài nguyên giữa các nhân viên trong công ty. Tuy nhiên dù nằm trong cùng một cơ sở dữ liệu nhưng không phải văn bản nào cũng được phép truy cập. Vì thế cần các giải pháp đảm bảo an toàn cho cơ sở dữ liệu.
Trong VPĐT các văn bản được số hóa và phân phối trao đổi thông qua môi trường mạng trong các giao dịch điện tử, các văn bản này có thể chỉ là một văn bản thông thường nhưng cũng có thể là văn bản nhạy cảm cần bảo mật hay văn bản cần xác nhận, chứng thực. Trong khi môi trường mạng là môi trường kém an toàn nhất nên việc các thông tin bị đánh cắp làm sai lệnh rất dễ xảy ra.
Điều này đặt ra vấn đề cần có giải pháp bảo mật và xác thực thông tin cho VPĐT trong quá trình trao đổi thông tin. Với VPĐT xây dựng trên nền web hay có diễn đàn nội bộ để trao đổi thông tin thì đặt ra một vấn đề: Bảo mật, xác thực ứng dụng web. Ngoài ra việc các nhân viên trao đổi thư tin với nhau hay với môi trường bên ngoài là điều không tránh khỏi. Thông qua dịch vụ thư điện tử tội phạm có thể tấn công lấy cắp thông tin cá nhân, dữ liệu gửi và nhận. Trong VPĐT có hỗ trợ việc gửi và nhận thư thì cần chú trọng đến vấn đề bảo mật thư điện tử.
Trước những phân tích trên đây, có thể thấy việc bảo mật và xác thực trong văn phòng điện tử bao gồm nhiều lĩnh vực. Việc nghiên cứu và triển khai giải pháp cần có thời gian và công sức tiến hành trên nhiều giai đoạn.