Các phần mềm VPĐT hiện nay với việc tích hợp các modul và phát triền các tính năng riêng nên có thể phù hợp với từng lĩnh vực. Tuy nhiên, các chức năng cơ bản như đã nêu ở trên nói chung là giống nhau. Trong đó chức năng quản lý văn bản được coi là chức năng quan trọng, thiết yếu trong VPĐT. Việc quản lý văn bản được chia làm hai quá trình: văn bản đến và văn bản đi.
Khi một văn bản đến người nhận sẽ xem thông tin văn bản, tác động vào văn bản nếu được phép, xử lý các yêu cầu nhập tài liệu, thêm file đính kèm hay chuyền cho người tiếp theo. Khi một văn bản được gửi đi, văn bản đó sẽ được chuyến đến nơi yêu cầu tại đây văn bản được xử lý tiếp và có thể chuyển đến các bộ phận liên quan như phòng ban hay lưu trữ. Quy trình lưu chuyền văn bản trên, có thể nhận thấy rằng việc văn bản lưu truyền qua rất nhiều trạm, thời gian văn bản đi trong đường truyền là khá lớn. Trên đường truyền với tính bảo mật không cao thì khả năng các gói tin văn bản bị bắt được là rất lớn. Trong quá trình này, văn bản vẫn ở dạng có thể đọc được nên việc mất cắp thông tin là có thể xảy ra, văn bản không còn tính toàn vẹn, giá trị. Hiện nay việc giải quyết vấn đề này chưa được đặt ra trong các phần mềm văn phòng điển tử.
Trong trường hợp trên tài liệu sẽ đảm bảo được tính toàn vẹn thông tin hay tính an toàn nếu tài liệu đó được mã hóa. Lúc đó dù tài liệu có bị lấy cắp thì cũng không thể đọc được.
Hơn thế nữa trong các VPĐT, việc lãnh đạo phải ký các văn bản hồ sơ xác nhận thông tin là rất nhiều nhưng trong VPĐT hiện nay chưa có giải pháp gì giải quyết điều này. Việc xác nhận này phần lớn được in ra giấy, xác nhận
bằng chữ ký thông thường, đấu đỏ. Sau đó nhờ các thiết bị số scan và truyền đi. Như vậy đã làm giảm hiệu quả quá trình sử dụng VPĐT. Việc này có thế giải quyết khi sử dụng chữ ký số. Tuy nhiên, trong các VPĐT hiện nay giải pháp này chưa được chú trọng.
Từ những phân tích trên đây nhận thấy một vấn đề tổn tại là các phần mềm VPĐT được triển khai ồ ạt với nhiều sản phẩm nhưng vấn đề bảo mật - xác thực thông tin trong VPĐT là chưa được quan tâm. Việc bảo mật - xác thực cho văn phòng điện tử là một vấn đề lớn, với nhiều lĩnh vực như bảo mật cơ sở dữ liệu, email ... hồ sơ văn bản trong hoạt động giao dịch điện tử. Trong đó hiện nay việc bảo mật - xác thực trong hoạt động giao dịch điện tử là vấn đề đang được quan tâm.
Ngày 30 tháng 12 năm 2009 thông tư số 41/2009/TT-BTTTT về ban hành các danh mục sản phẩm đáp ứng được yêu cầu sử dụng trong các cơ quan tổ chức nhà nước đã đưa phần mềm Alfresco trong danh mục các phần mềm quản trị nội dung mã nguồn mở đáp ứng các yêu cầu sử dụng trong các cơ quan tổ chức nhà nước. Có thể nói Alfresco đang một phần mềm VPĐT mã nguồn mở đang ngày càng được triển khai mở rộng trên các nước thế giới và có trong đó có Việt Nam. Do vậy, trong khóa luận này tôi sẽ đề cập đến giải pháp bảo mật và xác thực trên phần mềm văn phòng điện tử Alfresco.