Dữ liệu vào: tập dữ liệu các đoạn gen và một đoạn gen cần tìm giao.
Kết quả ra: Các đoạn gen trong tập dữ liệu có giao với đoạn gen nhập vào và số lượng các đoạn này.
Thiết kế giao diện: giao diện cửa sổ truy vấn gen (hình 3.3), giao diện hộp thoại chỉ định tệp dữ liệu về đoạn gen (hình 3.4)
Trong giao diện này, người dùng sẽ lựa chọn tệp nguồn, chứa thông tin về các đoạn gen theo đúng định dạng BED bằng nút lệnh Open file. Hình 3.4 minh họa người dùng chọn tệp human_bed.gen chứa dữ liệu về hệ gen người.
Hình 3.4. Giao diện hộp thoại chỉ định tệp dữ liệu về đoạn gen
Các xử lí, thao tác:
Khi một tệp gen được người dùng lựa chọn, chương trình sẽ đọc tệp và lữu trữ vào trong đối tượng itContainer (xem phụ lục).
Một đối tượng thuộc lớp itContainer chứa tập hợp các cây quản lí đoạn, biểu diễn bởi lớp ITtree và tên nhiễm sắc thể tương ứng của chúng lưu trữ vị trí các đoạn gen trên cùng một nhiễm sắc thể (xem phụ lục).
Vì trong một tệp dữ liệu, có thể chứa thông tin liên quan đến nhiều nhiễm sắc thể khác nhau, mỗi nhiễm sắc thể đại diện bởi một tên, ta sử dụng một combobox liệt kê danh sách tên các nhiễm sắc thể để người sử dụng thuận tiện trong việc lựa chọn đối tượng để làm việc.
Cây quản lí đoạn trong cài đặt có các phương thức sau:
Thêm một đoạn mới vào cây,
Tìm giao của một đoạn cho trước trên cây,
Duyệt cây theo thứ tự giữa.
Đoạn gen cần tìm giao g do người dùng nhập vào chương trình thông qua ô nhập dữ liệu có định dạng: tên nhiễm sắc thể, vị trí đầu đoạn gen, vị trí cuối đoạn gen.
Chương trình cài đặt sử dụng thuật toán tìm giao các đoạn gen trình bày ở chương trước, thực hiện tìm kiếm trên cây quản lí đoạn và trả ra kết quả là danh sách các đoạn có giao với g và chi tiết về đoạn gen giao nhau giữa chúng một cách chính xác và đáng tin cậy.