Mặc dù công tác quản lý bảo vệ rừng của Vƣờn đã và đang đƣợc triển khai nhiều hoạt động để ngăn chặn những hành vi xâm hại rừng bất hợp pháp một cách
khá quyết liệt, nhƣng do điều kiện dân sinh, kinh tế các xã vùng đệm còn nghèo, cuộc sống lệ thuộc vào tài nguyên rừng nên các hoạt động khái thác bất hợp pháp tài nguyên rừng của ngƣời dân quanh Vƣờn vẫn còn xảy ra. Qua quá trình điều tra, nghiên cứu và phỏng vấn cán bộ, ngƣời dân sống trong và xung quanh vùng đệm của Vƣờn cũng nhƣ kinh nghiệm thực tế trong quá trình công tác tại đây tôi nhận thấy có các mối đe chính đến khu hệ bò sát, ếch nhái của VQG Cúc Phƣơng nhƣ sau:
Hoạt động săn bắt, buôn bán và tiêu thụ trái phép động vật hoang dã là nguyên nhân chủ yếu khiến các quần thể động vật ở Cúc Phƣơng bị suy giảm. Đây là nguy cơ đe dọa tiềm tàng nhất tới các quần thể động vật ở đây trong thời gian tới nếu tình trạng trên không đƣợc kiểm soát và ngăn chặn một cách triệt để. Hình thức săn bắt và s dụng tùy theo từng nhóm loài:
Đối với ếch nhái chủ yếu săn bắt vào ban đêm. Thời điểm săn bắt chủ yếu vào tháng 4 đến tháng 9, sau các trận mƣa với lƣợng mƣa đủ lớn tạo nên các dòng chảy ớ các khe suối và các vũng nƣớc đọng. Thời điểm này phần lớn các loài ếch nhái tập trung bên các vũng nƣớc, ao, hồ, khe suối để giao phối và sinh sản nên việc săn bắt dễ dàng hơn. Săn bắt ếch nhái của ngƣời dân chủ yếu để làm thức ăn.
Đối với bò sát ngƣời dân săn bắt cả ban ngày và ban đêm, nhƣng chủ yếu vào ban đêm. Thời điểm săn bắt từ tháng 3 đến tháng 11 hàng năm. Nhiều quần thể trong nhóm này có số lƣợng cá thể giảm mạnh, tần xuất bắt gặp chúng ngoài tự nhiên ngày một nhỏ đặc biệt là các loài quý hiếm có giá trị kinh tế cao nhƣ Rùa núi vàng, Rùa cổ sọc, Rắn hổ mang, Tắc kè …
Lấn chiếm đất rừng thu hẹp không gian sống của loài, đốt nƣơng làm rẫy, chuyển đổi mục đích s dụng đất, khai thác trái phép tài nguyên gỗ, các lâm sản ngoài gỗ tuy không nhiều nhƣng cũng là nguyên nhân gây suy thoái sinh cảnh sống, tới hệ sinh thái và ĐDSH ở đây.
Chăn thả gia súc của ngƣời dân địa phƣơng ở khu vực thung lũng, bìa rừng và ở khu vực trƣớc đây ngƣời dân cƣ trú làm cản trở quá trình tái sinh của thiên nhiên và tạo cơ hội cho các loài cỏ dại môi trƣờng lan tràn. Đây cũng là một nguyên nhân dấn đến suy thoái sinh cảnh sống của loài.
S dụng thuốc bảo vệ thực vật trong nông nghiệp cũng là một trong các nguyên nhân gây suy thoái sinh cảnh sống.
Hệ thống giao thông phát triển gây ô nhiễm tiếng ồn, và chia cắt sinh cảnh sống của loài đặc biệt là đƣờng Hồ Chí Minh .v.v..