Acceryls discovery studio 2.5 được sử dụng trong nhiều lĩnh vực khoa học đời sống như hĩa sinh học trong các cơng ty dược phẩm, các tở chức nghiên cứu và các trường đại học. Accelrys Discovery studio là mợt trong những phần mềm toàn diện nhất về mơ hình hĩa và mơ phỏng khả năng tương tác của các thuốc điều trị với các virus hiện nay. Acceryl discovery studio cĩ những ưu điểm như sau:
-Giao diện đồ họa về thiết kế các loại thuốc và sử dụng nghiên cứu mơ hình protein dễ sử dụng và đẹp mắt.
- Cĩ nhiều ứng dụng đạt tiêu chuẩn được thiết lập như chất xúc tác, xây dựng mơ hình … và được nhiều kết quả đã cơng bố chứng minh.
- Hỗ trợ giải quyết các bài toán trong những nghiên cứu về thuốc chữa bệnh hiện nay.
- Xây dựng và chỉnh sửa mơ hình 3D của protein, peptide và các mơ hình axit nucleic.
- Trong phần mềm thư viện cĩ dữ liệu về hàng trăm các tính chất vật lý và hĩa học dễ sử dụng và đa dạng.
Vì những ưu điểm trên của phần mềm Accerlrys discovery studio 2.5, chúng tơi lựa chọn sử dụng phần mềm này trong nghiên cứu của mình.
Chúng tơi sử dụng phần mềm Accelrys discovery studio 2.5 để nghiên cứu tách riêng biệt các chất ức chế protease với các amino axit quan trọng trong HIV -1 protease. Việc nghiên cứu đồng thời phân tử HIV -1 protease với chất ức chế vượt quá khả năng tính toán của phần mềm. Mục tiêu của nghiên cứu nhằm đánh giá được sự ảnh hưởng của liên kết hidro đến khả năng tương tác của chất ức chế với HIV -1 protease. Trong luận văn, chúng tơi sẽ nghiên cứu riêng biệt các amino axit của protease HIV -1 cĩ liên kết hidro với các chất ức chế protease.
Chúng tơi tải file dữ liệu liên quan đến HIV -1 protease nguyên bản trên trang web: www.rcsb.org. Đây là ngân hàng lưu trữ các cấu trúc 3D của phân tử sinh học lớn, bao gồm protein và nucleic.
Để cĩ dữ liệu tính, chúng tơi sử dụng các cấu trúc các amino axit trong protein HIV -1 nguyên bản cĩ liên kết hidro với phối tử thuốc ức chế protease.