Việc kiểm tra phát hiện và xử lý vi phạm về môi trường ở một số địa phương chưa kịp thời, nhiều xã chưa triển khai việc xử lý vi phạm về môi trường thuộc thẩm quyền, còn tình trạng đùn đẩy, ỷ lại vào các cơ quan chức năng của huyện trong việc kiểm tra, xử lý vi phạm.
Hệ thống văn bản quy phạm pháp luật, các chính sách trong lĩnh vực QLNN về môi trường áp dụng huyện chưa đồng bộ, còn chồng chéo, chưa phân cấp, phân định rõ chức năng của từng cơ quan, tổ chức.
Lực lượng công chức QLNN về môi trường còn mỏng, chưa đúng chuyên môn được đào tạo, còn kiệm nhiệm nhiều nhiệm vụ khác theo yêu cầu của cơ quan quản lý.
Việc chi trả lương cho công nhân thực hiện hoạt động duy trì vệ sinh môi trường còn chậm, hoạt động thu gom, vận chuyển chưa kịp thời, còn tồn đọng rác tại nhiều địa phương.
Hoạt động thu phí vệ sinh môi trường gặp nhiều khó khăn do chưa quyết liệt, việc triển khai thu phí vệ sinh môi trường theo kế hoạch, việc giao kế hoạch xuống thôn xóm còn chậm.
Các hoạt động gây ảnh hưởng đến môi trường, sinh thái như gây ô nhiễm nguồn nước, không khí... vẫn tiếp tục diễn ra, không được ngăn chặn triệt để. Cần kiện toàn đội ngũ công chức làm công tác xây dựng văn bản quy phạm pháp luật có chuyên môn sâu về môi trường, thường xuyên tổ chức tập huấn, nâng cao năng lực cho số công chức này.
Một số cơ sở chăn nuôi, cơ sở sản xuất kinh doanh thực hiện chưa đúng đăng ký kế hoạch BVMT, Đề án BVMT đã được xác nhận theo quy định. Tình trạng ô nhiễm tại các cơ sở chăn nuôi trong khu dân cư vẫn tiếp diễn do hệ thống xử lý chất thải chưa đảm bảo, chưa phù hợp với quy mô chăn nuôi.
Hoạt động tuyên truyền BVMT trên địa bàn huyện Ba Vì còn hạn chế, mới chỉ dừng ở mức độ cổ động, phát động, chưa thực sự làm thay đổi ý thức và hành vi của nhân dân trong hoạt động quản lý tài nguyên và môi trường.
Hoạt động thanh tra trên địa bàn huyện thực hiện chưa linh hoạt, việc đánh giá hiện trạng môi trường hàng năm để báo cáo UBND huyện điều chỉnh, di dời các hộ sản xuất, kinh doanh chưa thực hiện kịp thời. Trên địa bàn huyện Ba Vì vẫn còn xẩy ra hiện tượng các xe chở vật liệu xây dựng, phế thải xây dựng không đúng quy chuẩn, không phủ bạt che chắn, chở quá tải, để rơi vãi ra đường gây mất an toàn, vệ sinh môi trường.