6. Ý nghĩa khoa học và thực tiễn của đề tài
1.2.3.2. Liên kết hydrogen
Liên kết hydrogen là loại tương tác phổ biến thứ hai trong phức giữa protein và phối tử. Có hai loại liên kết hydrogen là liên kết hydrogen cổ điển (conventional hydrogen bond) và liên kết carbon-hydrogen (unconventional hydrogen bond) có sự tham gia của carbon.
Liên kết hydrogen N-H···O phổ biến hơn liên kết O-H···O và N-H···N. Đối với liên kết hydrogen N-H···O, protein thường đóng vai trò là phần tử cho proton hơn là phần tử nhận proton. Arginine hình thành nhiều liên kết N-H···O hơn Lysine vì Arginine có 3 nguyên tử nitrogen ở mạch nhánh. Đặc biệt, Glycine phổ biến với cả 2 vai trò là phần tử nhận proton và phần tử cho proton trong sự hình thành liên kết hydrogen cổ điển, điều đó có thể do Glycine không có mạch nhánh nên khung peptide linh hoạt hơn. Đối với các liên kết hydrogen dạng O-H···O, các phối tử thường đóng vai trò là phần tử cho proton hơn là nhận proton. Aspartic acid, Asparagine, Glycine và Glutamine là các amino acid thường hình thành liên kết hydrogen với vai trò nhận proton, còn Serine có xu hướng nhường proton.
Liên kết hydrogen có sự tham gia của carbon là các liên kết có dạng C- H···X (X là O, N). Liên kết này tìm thấy phổ biến với nguyên tử carbon thơm, nguyên tử X của protein thường là chất nhận proton hơn. Điều này phản ánh thực tế là hầu hết các phối tử đều có vòng thơm, trong khi các mạnh nhánh của
amino acid thì không. Glycine, aspartic acid và glutamic acid là phần tử nhận proton phổ biến trong tương tác này, trong khi đó leucine thường là phần tử cho proton trong liên kết carbon-hydrogen.