6. Ý nghĩa khoa học và thực tiễn của đề tài
1.2.4. Các phần mềm docking phân tử
Hiện nay, có rất nhiều phần mềm được sử dụng để docking như AutoDock [28], MOE (Molecular Operating Environment) [41], ICM-Docking [37], … AutoDock là một bộ công cụ lắp ghép tự động. Nó được thiết kế để dự đoán làm thế nào các phân tử nhỏ như chất nền hoặc ứng cử viên thuốc liên kết với một thụ thể protein có cấu trúc 3D đã biết và được sử dụng trong nhiều nghiên cứu [42, 43]. Các bản phân phối hiện tại của AutoDock bao gồm hai thế hệ phần mềm: AutoDock 4 và AutoDock Vina. Trong đó, AutoDock 4 cho thấy hiệu quả hơn trong việc thực hiện xác định ái lực liên kết giữa phối tử và protein [44]. AutoDock 4 bao gồm hai chương trình chính: Autodock thực hiện việc ghép phối tử vào một bộ lưới mô tả protein đích và Autogrid tính toán trước các lưới này. Ngoài việc sử dụng chúng để lắp ghép, các lưới ái lực nguyên tử có thể được mô phỏng. Điều này có thể giúp các nhà hóa học tổng hợp hữu cơ thiết kế chất tương tác tốt hơn.
AutoDock là phần mềm có thể ứng dụng hỗ trợ cho phương pháp X-ray, thiết kế thuốc dựa trên cấu trúc, tối ưu hóa, sàng lọc ảo, thiết kế thư viện tổ hợp, lắp ghép protein - protein, nghiên cứu cơ chế hóa học. Trong nghiên cứu này chúng tôi sử dụng phần mền AutoDock 4.2 là phiên bản mới nhất trong chuỗi phần mềm AutoDock, sản phẩm của The Scripps Research Institute. AutoDock 4.2 được dùng kèm với AutoDockTools 1.5.6 để hỗ trợ.
Các chức năng của AutoDockTools: Xem phân tử trong không gian 3D xoay và thu phóng trong thời gian thực; thêm bớt nguyên tử hydrogen hoặc dung môi; thiết lập liên kết xoay trong phối tử bằng cách sử dụng một phiên
bản đồ họa của AutoTools; thiết lập tập tin tham số AutoDock (dpf) bằng cách sử dụng các form; khởi chạy AutoGrid và AutoDock; đọc kết quả của Autodock và hiển thị các kết quả đó bằng đồ thị; xem bản đồ ái lực trong AutoGrid, …