Tuy tắnh thống nhất giữa toàn cầu hòa và khu vực hóa là chủ yếu, giữa toàn cầu hóa và khu vực hóa cũng có những mâu thuẫn, đối lập.
- Khu vực hóa thường gắn với bảo hộ nghiêm ngặt trong quan hệ đối ngoại, dẫn đến chia cắt thị trường thành từng mảnh, cạnh tranh toàn cầu do đó biến thành cạnh tranh giữa các khu vực với các quốc gia ngoài khu vực hay giữa các khu vực với khu vực.
Do trình độ tự do hóa trong nội bộ tổ chức khu vực tiến từ thấp đến cao, từ khu vực thuế quan ưu đãi, mậu dịch tự do, liên minh thuế quan, thị trường chung, liên minh kinh tế đến liên minh chắnh trị. Nhưng tất cả những hình thức đó đều có những ưu đãi đặc thù, với mức độ khác nhau, giữa các nước thành viên mà các nước ở ngoài tổ chức khu vực không được hưởng. Tắnh ưu đãi những lợi ắch trực tiếp của khu vực hóa trái với tinh thần cơ bản của tổ chức WTO, như mậu dịch toàn cầu, đầu tư toàn cầu, tự do hóa dịch vụ... Khu vực hóa mang tắnh biệt lập, tức là tự do đối nội, đối ngoại bảo hộ, dù giới hạn của khu vực hóa có xu hướng mở rộng nhưng vẫn hình thành những bức tường trong quan hệ kinh tế đối ngoại, tăng khuynh hướng bảo hộ trên phạm vi thế giới và chia cắt thị trường thế giới, không có lợi cho sự phát triển toàn cầu hóa.
- Sự cạnh tranh giữa các tổ chức khu vực gay gắt làm xuất hiện những cuộc chiến tranh kinh tế trong một thế giới đa cực. Các nước lớn không những dùng lực lượng kinh tế hùng mạnh của mình mà còn dùng địa vị chủ đạo của mình trong các tổ chức kinh tế khu vực để phân chia ảnh hưởng và giành giật nhiều lợi ắch trong quá trình toàn cầu hóa. Đó chắnh là động lực mới thúc đẩy sự đa cực hóa thế giới, làm biến đổi so sánh thực lực giữa các cực, nảy sinh những cuộc chiến tranh kinh tế, cản trở sự phát triển của toàn cầu hóa kinh tế.
Việc nghiên cứu mối quan hệ biện chứng giữa khu vực hóa và toàn cầu hóa có ý nghĩa thiết thực.
Thứ nhất, nắm vững mối quan hệ vừa thống nhất vừa mâu thuẫn giữa khu vực hóa và toàn cầu hóa sẽ có căn cứ lý luận để hoạch định chắnh sách, chủ trương phù hợp nhằm chủ động hội nhập vào khu vực và thế giới.
Thứ hai, phát huy tắnh thống nhất của khu vực hóa và toàn cầu hóa để tắch cực đẩy mạnh các quan hệ song phương, quan hệ khu vực với quan hệ đa phương trên phạm vị toàn cầu. Qua quan hệ song phương và khu vực để tăng thế và lực của nước nhà trong các quan hệ đa phương, thiết lập một lộ trình thắch hợp để hội nhập vào khu vực và thế giới.
Thứ ba, quan tâm đến những mâu thuẫn của toàn cầu hóa và khu vực hóa để có những biện pháp điều tiết linh hoạt, kết hợp toàn cầu hóa, khu vực hóa và các quan hệ song phương, tắnh toán đến lợi ắch trước mắt và lâu dài vừa đảm bảo lợi ắch dân tộc vừa chú ý đến lợi ắch của các đối tác và cộng đồng, để không ngừng mở rộng quan hệ đối ngoại, bền vững, trên nguyên tắc bình đẳng, cùng có lợi.