Thu mẫu định tính: thu, mua cá của người dân địa phương đánh bắt ngẫu nhiên; thuê người dân đi thuyền dọc sông để bắt cá tại các điểm thu mẫu, hướng dẫn cách thu và đặt thùng mẫu đựng dung dịch formalin 8% tại nhà ngư dân. Mỗi loài thu được ít hay nhiều hơn ở mỗi điểm nghiên cứu tùy thuộc vào độ thường gặp và kích thước của cá. Thông thường, mỗi loài thu ít nhất 5 cá thể (3 cá thể với loài có kích thước lớn), những loài hiếm gặp thu từ 1 - 2 mẫu. Các mẫu cá thu được phải tươi còn nguyên hình dạng, màu sắc đẹp.
Thu mẫu định lượng: thu và đếm số cá thể của từng loài cá đánh bắt được mỗi lần trên các phương tiện thu mẫu, ở mỗi địa điểm thu mẫu vào các mùa khác nhau để đánh giá độ thường gặp. Thời gian thu mẫu từ 7h00 sáng đến 5h00 chiều.
Ghi nhãn cá những thông tin cần thiết: số thứ tự mẫu, tên phổ thông, địa điểm, thời gian thu mẫu.
Chụp ảnh cá: Chụp ảnh mẫu cá còn tươi sống. Thường chọn tấm nhựa có kích thước lớn, màu đen làm nền. Đặt cá nằm ngay ngắn trên tấm nhựa, đầu cá quay về phía bên trái. Phía dưới bụng cá đặt thước đo để thấy chiều dài thật của cá (đặt cá vào chính giữa thước). Dùng tay hoặc kẹp để kéo các vây cá cho căng sau đó dùng cọ quét formalin 40% vào các vây và giữ 2 phút để chúng xòe đều. Cá chụp lên ảnh sẽ đúng kĩ thuật và đẹp. Mỗi mẫu chụp nhiều lần để chọn được hình đẹp nhất.
Bảo quản mẫu cá: Sau khi chụp hình, tiêm formalin vào xoang bụng và xoang ngực của cá, bảo quản mẫu trong dung dịch formalin 8% trong thùng nhựa lớn, đậy nắp và dán băng keo kín. Cá ở mỗi điểm thu mẫu khác nhau cần để riêng mỗi bình chứa để tiện cho việc tra cứu. Mỗi điểm thu mẫu thu từ 1 - 2 thùng. Hàng tháng phải được kiểm tra và xử lí thay formalin khác khi màu mẫu thay đổi hoặc nước dung dịch bảo quản mẫu vẩn đục.
Ghi nhật kí thực địa: có sổ theo dõi các mẫu thu và ghi số thứ tự, tên cá, ngày tháng năm, địa điểm thu (ấp, xã, huyện, tỉnh), công cụ đánh bắt, người thu mẫu về hoạt động khai thác, phương tiện đánh bắt cá; các đặc điểm tự nhiên khác của khu vực thu mẫu.
Chụp hình, quay phim các thông tin thu thập được: sinh cảnh, ngư cụ,…
Cuối mỗi đợt thực địa cần tổng hợp các thông tin thu thập được, phân tích, rút kinh nghiệm cho việc ghi nhật kí trong đợt thực địa tiếp theo.
Đo tọa độ điểm thu mẫu cá và nước bằng định vị trên điện thoại thông minh.