Theo quy định của điều 171 Bộ luật tố tụng hình sự thì có hai vấn đề liên quan đến thẩm quyền xét xử theo lãnh thổ: khi tội phạm được thực hiện trong lãnh thổ nước ta và khi tội phạm được thực hiện ngoài lãnh thổ nước ta.
Đối với những trường hợp tội phạm được thực hiện trong lãnh thổ nước ta thì vụ án do Tòa án nơi tội phạm được thực hiện xét xử.
Bộ luật tố tụng hình sự quy định Tịa án có thẩm quyền xét xử vụ án hình sự là Tịa án nơi tội phạm được thực hiện, bởi vì ở nơi này có nhiều điều kiện thuận lợi cho việc xét xử như bảo đảm sự có mặt của những người tham gia tố tụng (người làm chứng; người bị hại; người có quyền lợi, nghĩa vụ liên quan), xác định những vật chứng khơng thể đưa đến phiên tịa được, xem xét hiện trường nơi xảy ra tội phạm được thuận lợi... Nhưng trong thực tế có trường hợp khơng xác định được nơi tội phạm được thực hiện hoặc tội phạm được thực hiện ở nhiều nơi khác nhau thì Tịa án có thẩm quyền xét xử là Tịa án nơi kết thúc điều tra.
Bộ luật tố tụng hình sự chưa quy định trường hợp bị cáo thực hiện tội phạm ở nhiều nơi và các tội phạm đó đều thuộc thẩm quyền xét xử của Tịa án cùng cấp thuộc thẩm quyền xét xử của Tịa án nào. Theo chúng tơi, để tránh những tranh chấp có thể xảy ra nên quy định Tịa án có thẩm quyền xét xử là Tòa án nơi tội phạm được thực hiên bị phát hiện đầu tiên.
Đối với những trường hợp bị cáo phạm tội ở nước ngồi thì vụ án do Tòa án nhân dân cấp tỉnh nơi cư trú cuối cùng của bị cáo ở trong nước xét xử. Nếu không xác định được nơi cư trú cuối cùng ở trong nước của bị cáo thì tùy trường hợp,
Chánh án Tòa án nhân dân tối cao ra quyết định giao cho Tòa án nhân dân thành phố Hà Nội hoặc Tòa án nhân dân thành phố Hồ Chí Minh xét xử.
Những tội phạm xảy ra trên tàu bay hoặc tàu biển của nước Cộng hoà xã hội chủ nghĩa Việt nam đang hoạt động ngoài không phận hoặc lãnh hải Việt Nam thuộc thẩm quyền xét xử của Tịa án nước ta, nơi có sân bay hoặc bến cảng trở về đầu tiên hoặc nơi tàu bay, tàu biển đó được đăng ký. Luật tố tụng hình sự của nhiều nước cũng quy định giống như ta, nhưng cũng có điểm khác. Ví dụ: Điều 2 Bộ lt tố tụng hình sụ Nhật Bản cịn quy định Tịa án nơi con tàu thả neo ngay sau khi tội phạm đựợc thực hiện cũng có thẩm quyền xét xử. Trường hợp tội phạm được thực hiện trên tàu bay, thì nơi tàu bay hạ cánh ngay sau khi hạ cánh được thực hiện có thẩm quyền xét xử.
Trên cơ sở kế thừa các quy định của pháp luật hình sự trước đó và có sửa đổi bổ sung nên thẩm quyền xét xử theo lãnh thổ được quy định trong Bộ luật tố tụng hình sự năm 2003 khá chặt chẽ và hợp lý, phù hợp với thực tiễn xét xử, giúp cho việc xét xử đạt được hiệu quả cao hơn, các tranh chấp về thẩm quyền xét xử hoặc tình trạng Tịa án đùn đẩy việc cho nhau được khắc phục về cơ bản. Có thể nói Bộ luật tố tụng hình sự năm 2003 đã đánh dấu một bước ngoặc quan trọng trong sự phát triển các quy định của pháp luật về thẩm quyền xét xử sơ thẩm hình sự của Tịa án, góp phần khơng nhỏ trong việc tăng cường hiệu quả của công cuộc đấu tranh phòng chống các loại tội phạm từ thực tiễn của Tòa án.