2.3.6.1. Nợ xấu chưa được giải quyết dứt điểm
Tuy tỷ lệ nợ xấu đã giảm xuống nhưng về quy mô vẫn tăng qua các năm. Việc xử lý nợ xấu của các NHTM về bản chất vẫn chưa đạt được hiệu quả cao. Mặc dù VAMC đã mua lại một lượng lớn các khoản nợ xấu của các NHTM tuy nhiên những khoản nợ này vẫn còn “tồn kho” chưa được giải quyết tận gốc.
2.3.6.2. Quy mô vốn điều lệ của các NHTM còn thấp so với các ngân hàng khác trong khu vực và thế giới
Trong thời gian qua, quy mô vốn điều lê của các NHTM đã gia tăng đáng kể nhằm bổ sung năng lực tài chính để đảm bảo tỷ lệ an toàn vốn và các chỉ tiêu trong hoạt động theo quy định của Ngân hàng Nhà nước, tuy nhiên vẫn còn thấp so với các ngân hàng khác trong khu vực Đông Nam Á và thế giới. Điều này làm hạn chế khả năng chống đỡ rủi ro của các NHTM khi có những bất ổn trên thị trường tài chính, đồng thời hạn chế khả năng mở rộng quy mô, nâng cao năng lực tài chính, giảm khả năng cạnh tranh đối với các tổ chức tín dụng trong khu vực và thế giới.
2.3.6.3. Năng lực quản trị điều hành còn hạn chế
Mặc dù trong thời gian qua năng lực quản trị điều hành của các NHTM Việt Nam từng bước được nâng lên, tuy nhiên, việc thiếu sự minh bạch giữa quyền hạn và trách nhiệm trong hoạt động của Hội đồng quản trị (HĐQT), ban điều hành, ban kiểm soát
độc lập với HĐQT và có tiếng nói đối với các quyết định có ảnh hưởng không tốt tới quyền lợi của các nhà đầu tư nhỏ lẻ hoặc phục vụ cho lợi ích nhóm.
2.3.6.4. Quá trình hợp nhất, sáp nhập còn chậm, chưa đạt được kết quả như mong đợi.
Các chính sách hỗ trợ của nhà nước đối với các NHTM sau sáp nhập còn hạn chế. Chưa có quy định cụ thể về bảo vệ cổ đông thiểu số, quyền và nghĩa vụ của các chủ thể gián tiếp như công ty luật, công ty kiểm toán, công ty môi giới . . . tham gia vào hoạt động sáp nhập giữa các NHTM và các quy định về định giá tài sản của NHTM khi tiến hành sáp nhập.
2.3.6.5. Tình trạng sở hữu chéo ngân hàng vẫn “chằng chịt”
Hiện nay tình trạng sở hữu, sở hữu chéo, nhóm cổ đông chi phối đã từng bước được kiểm soát, nhưng trên thực tế vẫn còn tiềm ẩn nhiều rủi ro do tình trạng chi phối, thao túng hoạt động ngân hàng chưa được xử lý triệt để.
Do đó những hệ lụy như sự thâu tóm ngân hàng, nợ xấu tăng và tăng vốn ảo, từ đó dẫn đến rủi ro mang tính hệ thống, gây áp lực lên các cơ quan quản lý.