Đa dạng di truyền là cơ sở cho việc tuyển chọn lai tạo những giống, lồi mới; đa dạng về lồi thường là đối tượng khai thác phục vụ mục đích kinh tế; đa dạng về hệ sinh thái cĩ chức năng bảo vệ mơi trường sống; đồng thời các hệ sinh thái được duy trì và bảo vệ chính là nhờ sự tồn tại của các quần thể lồi sống trong đĩ. Phần đa dạng sinh học do con người khai thác sử dụng gọi là đa dạng sinh học nơng nghiệp.
Giá trị của đa dạng di truyền thể hiện ở ba mặt chính (FAO, 1996):
- Giá trị ổn định (Portfolio Value): Đa dạng di truyền tạo ra sự ổn định cho các hệ thống nơng nghiệp ở quy mơ tồn cầu, Quốc gia và địa phương. Sự thiệt hại của một giống cây trồng cụ thể được bù đắp bằng năng suất của các giống hoặc cây trồng khác.
- Giá trị lựa chọn (Option Value): Đa dạng di truyền tạo ra bảo hiểm sinh học cần thiết chống lại những thay đổi bất lợi của mơi trường do việc tạo ra những tính trạng hữu ích như tính kháng sâu bệnh hay tính thích nghi. Giá trị của đa dạng di truyền được thể hiện thơng qua việc sử dụng và khai thác các tính trạng quý, hiếm của tài nguyên di truyền thực vật như tính chống chịu, năng suất, chất lượng và khả năng thích nghi.
Năm 1946, giống lúa mỳ lùn Nhật Bản Norin 10 được nhập vào Mỹ và đã gĩp phần quan trọng trong cải tạo giống và tăng năng suất lúa mỳ. Các giống lúa trồng cĩ nguồn gốc Đơng Bắc ấn Độ được sử dụng là nguồn kháng sâu, bệnh cho các vùng khác nhau trên thế giới. Những tính trạng này đã gĩp phần tăng sản lượng lúa bình quân của Châu á lên 30% giữa những năm 1981 và 1986 (FAO, 1996).
- Giá trị khai thác (Exploration Value): Đa dạng di truyền được xem là kho
dự trữ tiềm năng các tài nguyên chưa biết đến. Đây cũng là lý do cần phải duy trì cả các hệ sinh thái hoang dã lẫn các hệ thống nơng nghiệp truyền thống.
- Giá trị thẩm mỹ:Ngồi ra, đa dạng di truyền cịn cĩ giá trị về thẩm mỹ
(thưởng thức, giải trí) và giá trị về đạo đức. Cĩ một số lồi cĩ cả giá trị sử dụng, thẩm mỹ và đạo đức; song về giá trị cũng khơng phải đều nhau giữa các mặt giá trị và giữa các lồi