3.2.4.1. Xác định SNP XRCC3-rs861539
Sử dụng cặp mồi đặc hiệu khuếch đại vùng gen có chứa SNP XRCC3- rs861539 bằng kỹ thuật PCR. Sản phẩm PCR được điện di trên gel agarose 2%.
Hình 3.19. Kết quả điện di sản phẩm PCR chứa SNP XRCC3-rs861539
M: marker 100 bp; (-): chứng âm. Các sản phẩm PCR của các mẫu DNA
Nhận xét:
- Sản phẩm PCR đoạn gen có SNP XRCC3-rs861539 thu được có chất lượng tốt, gồm 1 băng duy nhất có kích thước 231 bp. Các sản phẩm PCR có thể sử dụng được cho kỹ thuật RFLP tiếp theo.
Hình 3.20. Kết quả điện di sản phẩm cắt chứa SNP XRCC3-rs861539
M: Marker 100 bp; Sản phẩm PCR của đoạn gen chứa XRCC3-rs861539 (1); Kiểu gen TT (2); Kiểu gen CC (3, 4, 6, 8, 9, 11); kiểu gen CT (5, 7, 10)
Nhận xét:
- Kết quả điện di sản phẩm cắt enzym các băng thu được rõ nét so trên thang DNA chuẩn. Do 2 băng 112bp và 107bp có kích thước chênh nhau rất ít, vì vậy trên hình ảnh điện di 2 băng phân tách không rõ ràng, chập lại thành một băng. Băng 12bp có kích thước nhỏ không phát hiện được trên ảnh điện di.Từ kết quả trên ta thấy enzym NlaIII đã cắt sản phẩm PCR thành các đoạn DNA có kích thước đúng như ý tính toán lý thuyết của nghiên cứu.
Hình 3.21. Giải trình tự đại diện sản phẩm PCR chứa SNP XRCC3-rs861539
Nhận xét:
- Tín hiệu giải trình tự với các đỉnh nucleotide rõ ràng. Kiểu gen CC có 1 đỉnh nucleotide C duy nhất, kiểu gen CT có 2 đỉnh nucleotide C và nucleotide T, kiểu gen TT có 1 đỉnh nucleotide T duy nhất. Như vậy, kết quả giải trình tự thu được trùng khớp với kết quả xác định kiểu gen bằng phương pháp RFLP.
3.2.4.2. Mối liên quan của SNP XRCC3-rs861539 với nguy cơ mắc UTBT
Bảng 3.11. Tỉ lệ kiểu gen/alen SNP XRCC3-rs861539 và mối liên quan với nguy cơ UTBT
XRCC3- Nhóm UTBT Nhóm chứng Tổng p OR rs861539 n % n % N % (CI95%) Kiểu T 40 5,3 49 6,4 89 5,9 1,0 0,326 1,241 alen C 720 94,7 711 93,6 1431 94,1 (0,807-1,908) TT 2 0,5 3 0,8 5 0,7 1,0 Kiểu CT 36 9,5 43 11,3 79 10,4 1,256 0,633 (0,199-7,932) gen CC 342 90,0 334 87,9 676 88,9 1,536 (0,255-9,250) Di TT+CT 38 10,0 46 12,1 1,0 truyền CC 342 90,0 334 87,9 0,355 1,240 lặn (0,786-1,954) Di TT 2 0,5 3 0,8 1,0 truyền CC+CT 378 99,5 377 99,2 0,656 1,504 trội (0,250-9,052) Nhận xét:
- Trong tổng 2 nhóm tỉ lệ alen T (5,9%) thấp hơn nhiều so với alen C và kiểu gen đồng hợp CC có tần suất cao nhất, kiểu gen TT có tần suất thấp nhất.
- Tỉ lệ alen C nhóm UTBT (94,7%) cao hơn so với nhóm chứng (93,6%). Alen C mang nguy cơ UTBT cao hơn alen T (ORC/T=1,241), tuy nhiên chưa đủ ý nghĩa thống kê khi CI95% của OR (0,807-1,908) chứa 1 và p=0,326.
- Tỉ lệ kiểu gen CC nhóm UTBT cao hơn nhóm chứng, trong khi CT và TT lại thấp hơn. Tuy nhiên sự khác biệt không có ý nghĩa thống kê (p=0,633).
-Kiểu gen CC và CT có nguy cơ UTBT cao hơn TT (ORCC/TT = 1,536 và ORCT/TT = 1,256), tuy nhiên cũng chưa đủ ý nghĩa thống kê vì các CI95% của OR đều chứa 1.
- Kiểu gen CC có nguy cơ UTBT cao hơn nhóm 2 kiểu gen còn lại trong mô hình di truyền lặn (ORCC/(CT+TT) = 1,240), và nhóm kiểu gen chứa alen C có nguy cơ mắc UTBT cao hơn kiểu gen TT (OR(CC+CT)/TT = 1,504), nhưng chưa đủ ý nghĩa thống kê khi CI95% của các OR đều chứa 1, và p>0,05.
Bảng 3.12. Mối liên quan giữa SNP rs861539 với giai đoạn và mô bệnh học
XRCC3-rs861539 CC CT TT p1 ORCC/(CT+TT)2 CI95% n % n % n % UT biểu mô 279 81,6 27 75,0 2 100,0 1,0 Mô UT tế bào 43 12,6 4 11,1 0 0,0 0,770 bệnh mầm 0,420 (0,179-3,303) học UT mô đệm- 20 5,8 5 13,9 0 0,0 0,402 sinh dục (0,137-1,179) Giai đoạn IV 34 9,9 4 11,1 0 0,0 1,0 Giai đoạn I 101 29,5 9 25,0 1 50,0 1,145 (0,325-4,035) Giai 0,674 0,726
đoạn Giai đoạn II 43 12,6 6 16,7 1 50,0
(0,196-2,694)
Giai đoạn III 164 48,0 17 47,2 0 0,0 1,093 (0,344-3,472)
1 Kiểm định Chi square. 2OR được điều chỉnh theo các biến tuổi chẩn đoán bệnh, tuổi có kinh, tình trạng mãn kinh theo mô hình hồi quy logistic đa biến. Ung thư biểu mô và giai đoạn IV là các nhóm tham chiếu.
Nhận xét:
- Phân bố các nhóm mô bệnh học và các giai đoạn phát hiện bệnh theo FIGO giữa các nhóm kiểu gen không có sự khác biệt có ý nghĩa thống kê (p=0,420 và p=0,674).
- Khi hiệu chỉnh theo các biến tuổi chẩn đoán bệnh, tuổi có kinh, tình trạng mãn kinh theo mô hình hồi quy logistic đa biến chưa tìm thấy mối liên quan giữa các kiểu gen với phân loại mô bệnh học và giai đoạn bệnh.