31 trình tự Nucleotid đƣợc chỉnh sửa và sắp xếp thành hàng với các vị trí nucleotide tƣơng ứng (alignment) bằng phần mềm Bioedit V7.0. Các chuỗi trình tự sau khi đƣợc sắp xếp đƣợc sử dụng để xây dựng cây phân loại.
40
Cây phân loại đƣợc xây dựng dựa trên phƣơng pháp Maximum Likelihood và mô hình Tamura-Nei model. Các trình tự nucleotid giống nhau đƣợc sắp xếp trong cùng một nhánh, các trình tự nucleotid có khác biệt nhau ít sẽ đƣợc sắp xếp cạnh nhau theo từng nhánh. Cây ban đầu đƣợc tìm kiếm theo phƣơng pháp heuristic đƣợc thu thập tự động bằng cách áp dụng thuật toán Neighbor-Join và BioNJ cho một ma trận khoảng cách theo cặp trình tự nucleotid và đƣợc ƣớc tính bằng cách sử dụng phƣơng pháp khả năng tổng hợp tối đa (MCL), sau đó chọn cấu trúc liên kết có giá trị sự lặp lại cao nhất. Cây đƣợc vẽ theo tỷ lệ, với chiều dài nhánh đƣợc đo bằng số lần thay thế trên mỗi vị trí. Các vị trí mã hóa đƣợc bao gồm là 1 + 2 + 3 + không mã. Có tổng cộng 620 vị trí trong tập dữ liệu cuối cùng. Các phân tích tiến hóa đƣợc thực hiện trong MEGA X [36].
41
Hình 3.7. Cây phát sinh loài xây dựng bằng phƣơng pháp Maximum Likelihood và thuật toán Tamura-Nei [24]
Từ hình 3.7 cho thấy có 3 loài rong Câu đƣợc ghi nhận phù hợp với phân loại hình thái, gồm loài G. blodgettii, G. tenuistipitata, G. salicornia.
Loài G. tenuistipitata đƣợc ghi nhận kết quả 1 mẫu thu tại Trà Vinh (TV1), 5 mẫu thu tại Cà Mau (CM1, CM3, CM5, CM13, CM19) và 4 mẫu thu tại tỉnh
42
Bạc Liêu (BL2, BL3, BL4,BL5). Loài G. salicornia ghi nhận kết quả 5 mẫu thu tại Tp. Hà Tiên và Tp. Phú Quốc, tỉnh Kiên Giang. Loài G. blodgettii ghi nhận kết quả từ 3 mẫu thu đƣợc tại Tp. Hà Tiên, tỉnh Kiên Giang.