Có nhiều nguyên nhân khách quan khiến tiến trình áp dụng QLRR vào quy trình thủ tục hải quan đối với hàng hóa XNK không được như mong muốn. Một số trong những nguyên nhân khách quan chủ chốt là:
- QLRR là nghiệp vụ tương đối mới đối với hầu hết các Chi cục và cán bộ công chức hải quan, đặc biệt là các cán bộ kiêm nghiệm. Do đó trong một thời gian ngắn ngành hải quan nói chung, từng cán bộ hải quan thành phố Hải Phòng nói riêng chưa kịp chuẩn bị đầy đủ để thích nghi nên dẫn đến vừa thiếu cơ sở vật chất, vừa thiếu kỹ năng cần thiết.
- Áp lực công việc cao đối với đối với các tổ chức hải quan nói chung, nhân viên hải quan nói riêng. Trong nhiều năm trở lại đây, nhất là từ khi nước ta mở cửa thị trường trong nước, khuyến khích xuất khẩu và giao lưu kinh tế khối lượng hàng hóa XNK và thông quan khá lớn và liên tục tăng. Trong khi đó nguồn lực và con người không tăng với tốc độ tương ứng. Vì thế có tình trạng quá tải và không có thời gian học kỹ năng mới ở đa phần các cơ quan hải quan và nhân viên. Hơn nữa, do phải cải cách và hiện đại hóa nhanh để phục vụ cho tiến trình hội nhập của nền kinh tế cơ quan hải quan đã phải thực hiện nhiều nội dung cải cách một lúc như đổi mới mã số, đổi mới phương thức tính trị giá hải quan, áp dụng các loại thuế mới, áp dụng hải quan điện tử, khai hải quan từ xa, phát triển khai thuê hải quan… nên ngành hải quan không có điều kiện đầu tư tương xứng cho QLRR.
- Quá trình soạn thảo và ban hành các quy trình thường chậm, thiếu đồng bộ, chắp vá. Hơn nữa, khi thế giới khó khăn, trong nước khó khăn thì nguồn lực trong nước và nước ngoài dành cho cải cách hải quan không được ưu tiên.
Ngoài ra, trong bối cảnh suy thoái, chính sách thương mại thay đổi cũng làm gián đoạn một phần tiến trình áp dụng QLRR.
Do quá trình thực hiện quản lý nhiều năm trước đây của hải quan Việt Nam nói chung và Cục Hải quan thành phố Hải Phòng nói riêng quá chú trọng đến kiểm soát trực tiếp nên không có điều kiện hình thành đội ngũ nhân viên có tri thức và trình độ khoa học cao để làm nhiệm vụ phân tích phân tích rủi ro. Hệ thống thông tin cũng không được chú trọng thu thập, xử lý và lưu giữ một cách hệ thống nên khi triển khai QLRR ngành hải quan phải xây dựng hệ thống thông tin phục QLRR ngay từ những khâu đầu tiên nên không thể đầy đủ và đồng bộ ngay được.
Một nguyên nhân khách quan nữa là đội ngủ doanh nhân ở nước ta chưa trưởng thành, có lịch sử phát triển ngắn nên chưa hành thành các chuẩn mực đạo đức kinh doanh nền tảng. Vì thế xác suất rủi ro không tuân thủ khá lớn. Trong khi đó hệ thống chế tài thực thi theo luật và hệ thống giải quyết tranh chấp có hiệu quả thấp nên chưa tạo được nền tảng tin tưởng cần thiết để thực hành QLRR. Biểu hiện rõ nhất là số vi phạm pháp luật hải quan những năm gần đây vẫn tiếp tục ở mức độ cao và chưa thấy xu hướng giảm, trong khi đó áp lực tăng thu và quy trình phân cấp QLRR chưa thật sự rõ ràng đã khiến nhân viên hải quan e ngại khi áp dụng QLRR. Họ ngại sự cố gây trách nhiệm nên cố níu kéo quan điểm và cơ chế kiểm soát chặt chẽ.
Do đặc thù của ngành hải quan thường xuyên luân chuyển cán bộ công chức từ khâu nghiệp vụ này sang khâu nghiệp vụ khác, một số cán bộ có kinh nghiệm trong QLRR, dẫn tới tình trạng không có cán bộ chuyên sâu về nghiệp vụ QLRR.