ĐBSCL là vùng đất thấp ven biển của Việt Nam và sẽ là khu vực bị tác hại nặng nề nhất do BĐKH gây ra. Nhiều tỉnh vùng ĐBSCL đang bị nước biển xâm nhập mặn sản xuất nông nghiệp giảm sút về năng suất, có nhiều khu vực thiếu nước ngọt phục vụ sinh hoạt,…
Trên 12% bờ biển của Việt Nam sẽ bị ngập sâu dưới mực nước biển 1 mét. ĐBSCL là vùng trũng nên bị ảnh hưởng nhiều nhất khi xảy ra ngập lụt, xâm nhập mặn và các hiện tượng thời tiết xấu. Theo dự đoán của Chương trình phát triển Liên Hiệp Quốc (UNDP), các tác động trên sẽ gây thiệt hại khoảng 17 tỉ đồng mỗi năm và khiến khoảng 17 triệu người không có nhà. Còn Văn phòng quản lý điều tra tài nguyên biển và môi trường (thuộc Bộ Tài nguyên và Môi trường) dự báo: dâng từ 15 – 90 cm vào năm 2070.
Theo thông tin của Viện Khoa học Thủy lợi miền Nam cho biết, năm 2009 nước mặn từ 6 cửa sông thuộc hệ thống sông Mê kông đã xâm nhập vào nội địa vùng ĐBSCL 70 km. Tại Long An, nước mặn từ sông Cửa Tiểu đã vào đến xã Thủy Tây (huyện Thạnh Hóa); tại Bến Tre, nước mặn từ sông Cửa Đại đã vào đến xã Phú Túc (huyện Châu Thành); tại Trà Vinh, nước mặn từ sông Hàm Luông đã vào đến xã Long Thới (huyện Tiểu cần); tại Hậu Giang, nước mặn từ sông Trần Đề đã vào đến xã Phú Hữu; tại Vĩnh Long, nước mặn từ sông Định An, Cung Hầu đã vào đến xã Quới An (huyện Vũng Liêm) và thị trấn huyện Trà Ôn. Trên địa bàn Cà Mau, nước mặn từ sông Ông Đốc đã xâm nhập sâu 65 km. Nước mặn từ sông Cái Lớn cũng xâm nhập sâu 65 km đến thị xã Vị Thanh (Hậu Giang).
Trước đó, nước mặn từ 6 cửa sông nói trên và cửa Cổ Chiên (thuộc hệ thống sông Mê Kông); từ cửa sông Ông Đốc, Cái Lớn đã xâm nhập sâu từ 10 – 60 km đến địa bàn 53 xã thuộc các tỉnh: Long An, Tiền Giang, Bến Tre, Trà Vinh, Sóc Trăng, Bạc Liêu, Kiên Giang, Cà Mau, Vĩnh Long, Hậu Giang. Hiện một số địa phuơng trong vùng ĐBSCL đã xuất hiện tình trạng thiếu nước ngọt trầm trọng.
Trong tình hình đó, nếu nước biển dâng cao, an ninh lương thực quốc gia sẽ bị đe dọa và đời sống nông dân nghèo trong khu vực sẽ bị ảnh hưởng nghiêm trọng. ĐBSCL nước biển sẽ dâng cao làm ngập lụt phần lớn ĐBSCL vốn đã bị ngập lụt hàng năm, dẫn đến mất nhiều đất nông nghiệp. Sẽ có từ 15.000 – 20.000 km2 đất thấp ven biển bị ngập hoàn toàn. Lưu lượng nước sông Mê kông giảm từ 2 – 24% trong mùa khô, tăng từ 7-15% vào mùa lũ. Hạn hán sẽ xuất hiện nhiều hơn. Nước lũ sẽ cao hơn tại các tỉnh An Giang, Đồng Tháp, Long An, Tiền Giang, Kiên Giang, Vĩnh Long, TP Cần Thơ, Hậu Giang; thời gian ngập lũ tại đây sẽ kéo dài hơn hiện nay. Việc tiêu thoát nước mùa mưa lũ cũng khó khăn. Suy giảm tài nguyên nước sẽ ảnh hưởng nghiêm trọng đến sản xuất nông nghiệp, nghề cá. Quá trình xâm nhập mặn vào nội đồng sẽ sâu hơn, tập trung tại các tỉnh ven biển gồm Cà Mau, Bạc Liêu, Sóc Trăng, Trà Vinh, Bến Tre, Tiền Giang, Long An và nước ngọt sẽ khan hiếm (Bộ Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn, 2011).